关于保险公司扣除非医保费用是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体的法律规定、合同条款以及保险公司的举证责任来综合判断。

首先，从法律层面来看：

• 国务院《机动车交通事故责任强制保险条例》以及中国保险行业协会《机动车交通事故责任强制保险条款》中，确实提到了按照国家基本医疗保险标准进行核实医疗费用的规定。但这并不意味着保险公司可以无条件地扣除非医保费用。
• 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国保险法〉若干问题的解释(三)》第十九条明确规定，保险合同约定按照基本医疗保险的标准核定医疗费用时，如果保险人以被保险人的医疗支出超出基本医疗保险范围为由拒绝给付保险金，人民法院是不予支持的。除非保险人有证据证明被保险人支出的费用超过基本医疗保险同类医疗费用标准，并要求对超出部分拒绝给付保险金，此时人民法院才会予以支持。

其次，从合同层面来看：

• 投保人与保险公司签订的保险合同中，可能确实包含了关于扣除非医保费用的条款。但这样的条款属于免除保险人责任的条款，根据《中华人民共和国保险法》第十七条的规定，保险公司在订立合同时必须在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明。如果保险公司未能履行这一义务，那么该条款是不产生效力的。

最后，从保险公司的举证责任来看：

• 如果保险公司主张扣除非医保费用，那么它必须承担举证责任，证明被保险人支出的费用确实超过了基本医疗保险同类医疗费用标准，并且这部分费用是不合理、不必要的。这通常需要保险公司提供详细的医疗费用审核报告，其中应包括非医保用药的明细、金额，以及可替代药品的具体名称和价格等信息。如果保险公司无法提供充分的证据来支持其主张，那么法院是不会支持其扣除非医保费用的请求的。

综上所述，保险公司扣除非医保费用并非绝对合法或非法，而是需要依据具体的法律规定、合同条款以及保险公司的举证责任来综合判断。在实际操作中，如果保险公司主张扣除非医保费用，被保险人可以要求保险公司提供充分的证据来支持其主张，并在必要时寻求法律援助来维护自己的合法权益。