针对您提出的“二次入职是否可以约定试用期”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条第二款的规定：“同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”这一条款是明确且具有法律效力的，它规定了试用期约定的基本原则，即同一用人单位与同一劳动者之间，无论其入职次数多少，都只能约定一次试用期。

接下来，我们分析您提到的具体情况：员工从本公司A岗位离职后，再次入职本公司的B岗位，且两个岗位的职责和层级完全不同。尽管岗位发生了变化，但根据《劳动合同法》的规定，这并不影响试用期约定的基本原则。也就是说，即使员工入职的是不同的岗位，只要他是与同一用人单位再次建立劳动关系，就不能再次约定试用期。

此外，您还提到了《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》和《关于中华人民共和国劳动法若干条文的说明》中关于试用期的相关内容。这些文件虽然在一定程度上对试用期进行了补充说明，但当它们与《劳动合同法》的规定不一致时，我们应当以《劳动合同法》为准。这是因为《劳动合同法》是专门规范劳动合同关系的法律，具有更高的法律效力。

综上所述，无论员工二次入职的是同一岗位还是不同岗位，只要他是与同一用人单位再次建立劳动关系，就不能再次约定试用期。这是由《中华人民共和国劳动合同法》明确规定的，也是保障劳动者权益、维护劳动关系稳定的重要原则。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。