“12小时两班倒”的工作制度是否违法，需结合具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、标准工时制下的合法性分析

在标准工时制下，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若用人单位未经批准实行“12小时两班倒”，且导致劳动者工作时间超过法定标准（每日8小时，每周44小时），则构成违法。同时，用人单位应保证劳动者每周至少休息一日，否则也构成违法。

举例说明：假设某工厂在标准工时制下，未经与劳动者协商，擅自实行“12小时两班倒”的工作制度，且未保证劳动者每周至少休息一日。这种情况下，该工厂的行为就违反了《劳动法》的相关规定。

二、综合计算工时工作制下的合法性分析

经批准实行综合计算工时工作制的用人单位，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。若“12小时两班倒”导致周期内工作时间总和超标，超出部分应视为延长工作时间，用人单位需依法支付加班费；未超标则不违法。

举例说明：某企业经劳动行政部门批准实行以月为周期的综合计算工时工作制。若该企业实行“12小时两班倒”的工作制度，但周期内总工作时间未超过176小时，且依法支付了加班费（如有加班情况），则该企业的行为不违法。

三、不定时工作制下的合法性分析

在不定时工作制下，无固定上下班时间限制，因此单纯的“12小时两班倒”不能直接认定违法。但用人单位仍需确保职工的休息休假权利得到保障，且需经过劳动行政部门的审批。

举例说明：某销售岗位实行不定时工作制，因工作性质需要，员工可能需要在某些时段工作超过12小时。但只要该岗位已获得劳动行政部门的审批，且用人单位确保了员工的休息休假权利，则该行为不违法。

四、加班费支付规定

无论何种工时制度，若用人单位安排劳动者延长工作时间，均需依法支付加班费。具体标准如下：

• 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
• 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

举例说明：若某企业实行“12小时两班倒”的工作制度，且未依法支付加班费，则该企业的行为违反了《劳动法》关于加班费支付的规定。

五、特殊情况下的延长工作时间

在特定情况下，如因生产经营需要并经过工会和劳动者同意，企业可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；若有特殊原因需延长工作时间，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。

举例说明：若某企业因紧急生产任务需要，经过工会和劳动者同意后，安排员工在特定时段内延长工作时间，但每日未超过三小时，且每月未超过三十六小时，同时依法支付了加班费，则该企业的行为不违法。

六、法律后果

如果用人单位违反《劳动法》的规定，实行“12小时两班倒”的工作制度，可能面临以下法律后果：

• 行政处罚：由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款；
• 民事赔偿：劳动者有权要求用人单位支付加班费、经济补偿金等；
• 刑事责任：在极端情况下，如果用人单位的违法行为达到刑事犯罪的程度，相关责任人员可能承担刑事责任。

总结与建议：

“12小时两班倒”的工作制度是否违法，需结合具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。若您对此有疑虑或争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更准确的法律意见和帮助，确保您的合法权益得到维护。