结论：合同中写了“乙方违约本协议自动失效”，甲方起诉仍然有用。以下从不同角度进行分析：
一、合同条款的效力与起诉权的关系
合同条款的效力：合同中“乙方违约本协议自动失效”的条款，是双方对违约后果的一种约定。这种约定在法律上是有效的，但它并不意味着一旦乙方违约，甲方就完全丧失了所有权利，包括起诉权。
起诉权的独立性：起诉权是法律赋予当事人的一项基本权利，用于维护自身合法权益。合同条款的失效，并不直接导致起诉权的丧失。甲方仍然有权就乙方违约行为造成的损失，向法院提起诉讼，要求乙方承担相应的法律责任。
二、合同失效后的法律后果
合同权利义务的终止：合同失效后，双方基于合同产生的权利义务关系终止。但这并不意味着双方之间的所有法律关系都完全消失。例如，如果乙方违约给甲方造成了损失，甲方仍然有权要求乙方赔偿。
违约责任的承担：即使合同失效，乙方仍然需要对其违约行为承担法律责任。这包括赔偿甲方因乙方违约而遭受的损失，以及可能承担的其他违约责任，如支付违约金等。
三、甲方起诉的具体操作
收集证据：甲方在起诉前，需要收集足够的证据来证明乙方的违约行为，以及自己因此遭受的损失。这些证据可以包括合同文本、交易记录、沟通记录等。
确定诉讼请求：甲方需要根据实际情况，确定具体的诉讼请求。例如，可以要求乙方赔偿损失、支付违约金等。
向法院提起诉讼：甲方需要向有管辖权的法院提起诉讼，并提交起诉状和相关证据。法院将依法审理案件，并作出判决。
四、特殊情况下的考虑
合同无效或可撤销的情形：如果合同本身存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），那么合同中的“自动失效”条款也可能无效。在这种情况下，甲方仍然有权起诉乙方，要求确认合同无效或撤销合同，并要求乙方承担相应的法律责任。
合同部分失效的情形：如果合同只是部分失效（如某些条款无效），而其他条款仍然有效，那么甲方仍然可以就有效部分向法院提起诉讼。
建议：甲方在遇到乙方违约导致合同失效的情况时，不要放弃起诉的权利。而是应该积极收集证据，确定诉讼请求，并向法院提起诉讼。如果甲方在处理此类纠纷时遇到困难或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我将根据具体情况为甲方提供专业的法律建议。