结论前置：借款合同签订后又重新签订还款协议，原合同的抵押权是否有效，需分情况讨论，一般情况下，原抵押权继续有效，但也存在特殊情况可能导致原抵押权失效或受影响。以下为详细分析：
一、原抵押权继续有效的情况
还款协议未改变原借款合同的核心条款：
- 如果新签订的还款协议仅是对原借款合同的还款期限、还款方式等进行了调整，而未涉及借款金额、利率、抵押物等核心条款的变更，那么原借款合同中的抵押条款依然有效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，抵押权自登记时设立，且抵押权与其担保的债权同时存在，债权消灭的，抵押权也消灭。在还款协议未改变原债权的情况下，抵押权自然继续有效。
还款协议明确约定原抵押权继续有效：
- 如果还款协议中明确约定了原借款合同中的抵押权继续有效，或者双方以其他方式（如补充协议、书面确认等）确认了原抵押权的效力，那么原抵押权将不受还款协议签订的影响。
二、原抵押权可能失效或受影响的情况
还款协议实质性变更了原借款合同：
- 如果还款协议对原借款合同的核心条款进行了实质性变更，如借款金额、利率、抵押物等，且双方未就新的抵押条款达成一致或未重新办理抵押登记，那么原抵押权可能因债权变更而失效。
- 特殊情形：即使还款协议未明确变更抵押物，但如果新协议导致原债权性质发生根本变化（如将借款转为投资款），也可能影响原抵押权的效力。
抵押物被处分或灭失：
- 如果在还款协议签订后，抵押物因被处分（如出售、赠与等）或灭失（如毁损、灭失等）而导致无法继续作为抵押物，那么原抵押权将因抵押物的丧失而失效。
- 例外：如果抵押物灭失后，抵押权人能够就抵押物的残值或保险金等优先受偿，或者抵押人提供了其他等值财产作为新的抵押物，那么抵押权可能以新的形式继续存在。
抵押权未依法登记或登记失效：
- 如果原借款合同中的抵押权未依法办理登记手续，或者登记因某种原因（如逾期未续展、登记信息错误等）而失效，那么原抵押权将无法对抗第三人，甚至可能被视为从未设立。
- 建议：无论还款协议如何签订，抵押权人都应确保抵押权依法登记并保持登记的有效性。
三、法律建议
审查还款协议内容：
- 在签订还款协议前，务必仔细审查协议内容，确保其不会对原借款合同中的抵押权产生不利影响。
及时办理抵押权变更或续展登记：
- 如果还款协议涉及抵押物的变更或抵押期限的延长等，应及时办理抵押权的变更或续展登记手续，以确保抵押权的效力。
咨询专业律师：
- 在涉及复杂经济纠纷或抵押权问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。不过，你遇到相关问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更精准的建议。
总结：借款合同签订后又重新签订还款协议，原合同的抵押权是否有效取决于多种因素。在一般情况下，原抵押权继续有效；但在特定情况下（如还款协议实质性变更原合同、抵押物被处分或灭失、抵押权未依法登记或登记失效等），原抵押权可能失效或受影响。因此，在签订还款协议时，务必谨慎审查协议内容并及时办理相关登记手续。