结论：租厂房合同中注明拆迁款归房东所有是否合法，需根据具体情况和合同约定来判断。一般来说，如果合同条款是双方自愿、平等协商的结果，且不违反法律法规的强制性规定，那么该条款是合法的。但拆迁款中涉及不同性质的补偿，其归属可能有所不同，需具体分析。

详细分析：

1. 合同自愿原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动应当遵循自愿原则。这意味着，房东和租户在签订租赁合同时，有权自愿约定拆迁款的归属。如果双方在合同中明确约定了拆迁款归房东所有，且该约定是双方真实意思的表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该约定是合法的。

2. 拆迁款性质分析：

   • 拆迁款通常包括多个部分，如房屋补偿款、搬迁补助费、停产停业损失补偿等。其中，房屋补偿款是对房屋本身价值的补偿，通常归房屋所有权人（即房东）所有。而搬迁补助费和停产停业损失补偿则是对因拆迁导致的搬迁行为和停产停业所产生损失的补偿。
   • 对于搬迁补助费和停产停业损失补偿，如果租户作为实际使用厂房并需要进行搬迁操作的一方，承担了搬迁费用和停产停业损失，那么从公平合理的角度出发，这部分补偿应归租户所有。因此，如果合同中笼统地约定“拆迁款归房东所有”，可能忽略了租户在这部分补偿上的权益，导致合同条款显失公平。

3. 合同条款的合理性：

   • 在签订租赁合同时，双方应充分考虑拆迁的可能性及其后果，并在合同中明确约定拆迁款的归属。如果合同条款过于笼统或模糊，可能导致双方在拆迁时产生争议。因此，建议双方在签订合同时，对拆迁款的归属进行具体、明确的约定，以避免后续纠纷。

4. 法律后果与建议：

   • 如果合同中明确约定了拆迁款归房东所有，且该约定合法有效，那么租户在拆迁时应遵守合同约定，不得擅自主张拆迁款的权益。但如果租户认为合同条款显失公平或存在其他违法行为，可以通过法律途径寻求救济。
   • 对于房东而言，在签订合同时应充分考虑租户的权益，避免约定过于苛刻的条款。同时，在拆迁时也应按照合同约定和法律规定，合理分配拆迁款，以维护双方的合法权益。

实际应用指导：

• 在签订租赁合同时，双方应充分协商并明确约定拆迁款的归属。如果可能的话，可以请专业律师参与合同的起草和审核工作，以确保合同条款的合法性和合理性。
• 在拆迁发生时，双方应首先查阅租赁合同中的相关条款，并依据合同条款进行协商。如果合同无明确约定或约定不明确，应充分考虑实际搬迁费用的承担者以及合同无法继续履行的责任方等因素进行协商分配。
• 如果双方无法就拆迁款的归属达成一致意见，可以通过法律途径解决争议。在此过程中，双方应保留好相关证据和资料以便在必要时提供证明。

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