结论：公司按保底工资发放，而该保底工资低于员工计件工资、年休假工资及节日工资综合计算后的数额，这种做法一般是不合法的。

详细分析：

1. 计件工资的计算：

   • 计件工资是按照员工生产的合格产品的数量或完成的工作量，根据预先规定的计件单价计算的劳动报酬。
   • 根据《劳动法》及相关规定，员工在正常工作时间内完成的工作量，应按照计件单价获得相应的工资。

2. 年休假工资的计算：

   • 员工依法享受年休假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。
   • 如果劳动合同、集体合同约定的或者用人单位规章制度规定的年休假工资标准高于劳动合同规定的标准，员工有权要求按照较高的标准执行。

3. 节日工资的计算：

   • 员工在法定节假日工作的，用人单位应按照不低于劳动合同规定的工资标准的300%支付工资报酬。
   • 如果员工在法定节假日未工作，但根据用人单位的规章制度或劳动合同约定应享受节日津贴或福利的，用人单位也应予以支付。

4. 保底工资与综合工资的比较：

   • 保底工资是用人单位与员工约定的，在员工未达到正常工作量或计件工资标准时，用人单位应支付的最低工资。
   • 如果员工的计件工资、年休假工资及节日工资综合计算后的数额高于保底工资，用人单位应按照综合工资支付，而不是仅按保底工资支付。

5. 公司的合法义务：

   • 用人单位应依法支付员工劳动报酬，不得克扣或无故拖欠。
   • 如果公司按保底工资发放，而该保底工资低于员工应得的综合工资，这种做法违反了劳动法的相关规定，员工有权要求公司补足差额。

建议：

• 员工应保留好与工资相关的证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在发生纠纷时证明自己的权益。
• 如果公司坚持按保底工资发放，员工可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司被认定存在克扣或无故拖欠员工工资的行为，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 员工也有权要求公司支付拖欠的工资及相应的经济补偿金。

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