关于用人单位通过微信支付工资是否合法的问题，我们可以从法律层面、合理性与便捷性、合规性与风险等多个角度进行详细分析。
法律层面：
我国现行法律法规并未明确禁止使用微信等第三方支付平台发放工资。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，用人单位应当以货币形式按月支付给劳动者本人工资。这里的“货币形式”并未限定为现金或银行转账，因此，从广义上讲，微信转账作为一种电子支付方式，也可以视为一种货币形式的支付手段。所以，在法律上，用人单位通过微信支付工资并不构成违法。
合理性与便捷性：
对于小微企业或灵活就业单位而言，微信支付工资确实具有操作简便、及时到账的优势。它节省了银行批量转账的时间和精力，使得工资发放更加灵活高效。同时，如果用人单位与劳动者事先协商一致，采用微信发工资方式，也可以视为双方就支付方式达成了约定，具有一定的合理性。
合规性与风险：
尽管微信支付工资在法律上可行，但也存在一些潜在的风险和限制：
证据效力问题：微信转账记录虽可作为支付凭证，但其证据效力可能受到质疑。相较于银行代发工资记录，微信转账记录更易被篡改、删除，难以清晰反映工资构成和支付情况。在发生劳动纠纷时，这可能不利于员工维护自己的权益。
税务风险：微信发工资可能导致工资发放不透明，便于用人单位少报、瞒报工资数额，从而逃避社保费和个人所得税缴纳。这不仅违反了税收法律法规，也损害了员工的社会保障权益。
财务监管漏洞：微信发工资不利于企业进行规范的财务核算和审计。它可能使企业资金流向不清晰，增加财务管理难度和风险。
员工权益保障困难：微信发工资可能影响员工申请银行贷款、信用卡等权益的实现。因为微信转账记录可能不被银行认可作为还款能力证明，从而给员工带来不必要的麻烦。
综合建议：
从合规性、安全性和员工权益保护的角度出发，我们更推荐用人单位通过银行转账等正规渠道发放工资。这样既能确保资金及时、安全到账，也有利于员工管理自己的工资记录，还能满足税务和监管部门的要求。同时，用人单位应严格遵守相关法律法规，为员工提供合法的劳动保障和福利待遇，不得借由微信发放工资来规避为员工缴纳社保等责任。
综上所述，虽然微信支付工资在法律上并未明确禁止，但考虑到其存在的合规性、安全性及员工权益保护方面的问题，我们并不推荐这种做法。用人单位应优先考虑使用银行转账等正规渠道发放工资。