公司通过企业微信发工资，在符合一定条件下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合法性依据：

   • 根据现行的《中华人民共和国劳动合同法》以及各省市自治区自行制定的有关工资方面的法规条文，用人单位有责任按照约定时间和金额向其雇佣的职工支付工资。关于工资支付方式，法律并未作出严格限制，当事人可自由选择适合自己的方式，如通过现金、银行账户或微信等途径进行支付，只要这些方式不违反国家相关法律法规即可。

2. 合法条件：

   • 双方协商一致：公司与员工应经过充分沟通，共同同意采用企业微信作为工资发放方式，并确保在实际操作中能够准确、及时地发放工资。
   • 符合支付规定：虽然法律未明确排除微信等电子支付方式，但企业微信发工资应满足货币支付的本质要求，且不违反其他相关法律法规。
   • 记录可追溯：企业微信发工资时，应确保支付记录清晰、准确，并易于追溯，以作为法律证据使用。

3. 需要注意的问题与风险：

   • 举证困难：若双方未明确约定工资发放方式为企业微信转账，一旦发生争议，劳动者可能面临举证困难。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节。
   • 税务风险：通过企业微信发放工资时，公司需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳，以避免税务违法问题和相应的处罚。
   • 系统故障风险：企业微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题。公司应建立应急预案，确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。

4. 合法合规性建议：

   • 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括企业微信支付）、支付时间等关键条款，以确保双方权益得到保障。
   • 公司应优先选择通过对公账户发放工资，以确保税收及社保的合理处理。若确实需要通过企业微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。

综上所述，公司在符合双方协商一致、符合支付规定，并能确保工资支付记录的准确性和可追溯性的前提下，通过企业微信发工资是合法的。但需注意相关风险，并采取相应的合法合规性措施。