公司让员工签订罚款协议一般是不合法的，但需分情况讨论：

1. 从劳动法角度分析
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资。罚款属于对劳动者财产权的直接处分，而法律仅允许在两种情形下扣减工资：
   

• 劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位需举证损失金额及因果关系，扣款不得超过月工资20%；
  
• 依法代扣代缴个人所得税、社保等法定项目。
  若罚款协议超出上述范围（如对迟到、未完成业绩等行为直接罚款），则违反劳动法强制性规定，属于无效条款。

1. 从合同效力角度分析
   根据《民法典》第153条，违反法律、行政法规强制性规定的合同无效。若罚款协议内容与劳动法冲突（如约定“迟到一次罚款500元”），该条款因违法而无效，员工有权拒绝签署或主张无效。但需注意：
   

• 若罚款协议以“违约金”形式出现（如服务期违约金、竞业限制违约金），需符合《劳动合同法》第22-23条的法定情形，否则同样无效；
  
• 若罚款实为“绩效考核扣分”等管理手段，且未直接扣减工资，则可能不构成违法，但需审查具体操作是否合理。

1. 实务建议
   

• 对员工：签署前仔细审查协议内容，拒绝违法条款；若已签署，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张返还罚款并要求赔偿；
  
• 对公司：应通过合法方式管理员工（如完善考勤制度、绩效考核体系），避免直接罚款。若需约束员工行为，可约定“损失赔偿”条款并保留证据，或通过民主程序制定规章制度（如《员工手册》）并公示。

总结：公司无权通过罚款协议直接处分员工工资，此类协议大多违法无效。若遇此类情况，建议保留协议文本及罚款记录，及时通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。