结论：土地转包协议后第三方私自建房，协议是否生效需分情况讨论，主要取决于建房行为是否违反法律法规的强制性规定以及转包协议中的相关约定。

分析：

1. 协议生效的基本条件：

   • 土地转包协议是双方真实意思的表示，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议在双方之间是有效的。
   • 第三方私自建房的行为，本身并不直接导致土地转包协议的无效。但是，如果建房行为违反了法律法规的强制性规定（如未经批准擅自改变土地用途、未取得建设规划许可等），则可能面临行政处罚，甚至可能导致建房行为被认定为违法建筑而面临拆除。

2. 建房行为对协议的影响：

   • 若建房行为合法：如果第三方在转包的土地上建房，且该建房行为符合相关法律法规的规定（如已取得必要的批准和许可），那么该建房行为不会影响土地转包协议的效力。协议仍然有效，双方应继续履行协议中的义务。
   • 若建房行为违法：如果第三方在转包的土地上建房，但该建房行为违反了相关法律法规的规定（如未经批准擅自改变土地用途、未取得建设规划许可等），那么该建房行为可能构成违约或违法行为。此时，原土地转包协议的双方可以依据协议中的约定或相关法律法规的规定，要求第三方承担违约责任或接受行政处罚。同时，如果建房行为严重影响了土地的使用价值或目的，原土地转包协议的双方也可能有权解除协议。

3. 协议中的特别约定：

   • 如果土地转包协议中明确约定了禁止在转包土地上建房或建房需经双方同意等条款，那么第三方私自建房的行为将直接违反协议约定。此时，原土地转包协议的双方可以依据协议中的约定要求第三方承担违约责任，甚至有权解除协议。

建议：

• 对于原土地转包协议的双方来说，如果发现第三方在转包土地上私自建房，应首先查看协议中的相关约定，了解双方的权利和义务。
• 如果建房行为违反了协议约定或相关法律法规的规定，应及时与第三方沟通协商，要求其停止建房行为并承担相应的责任。
• 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决纠纷，如向法院提起诉讼或向相关部门申请行政处罚等。

后续行动：

• 如果你作为土地转包协议的一方，面临第三方私自建房的情况，且不确定如何处理，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。