核心结论：股东超市变更法人时，烟草相关事宜的处理需分情况讨论，主要涉及烟草专卖零售许可证的变更或重新申领，具体如下：

1. 若原法人继续经营烟草业务，仅变更股东或超市名称等非关键信息
   根据《烟草专卖许可证管理办法》及实施细则，若超市的法定代表人（即营业执照上的法人）未发生变更，仅股东结构或超市名称等非关键信息变更，无需重新申领烟草专卖零售许可证，但需向当地烟草专卖局办理变更登记手续。

   • 操作步骤：
     （1）准备材料：变更后的营业执照、原烟草专卖零售许可证、法定代表人身份证明、变更说明文件（如股东会决议）等；
     （2）提交申请：向原发证烟草专卖局提交变更申请，填写《烟草专卖零售许可证变更申请表》；
     （3）审核与发证：烟草专卖局审核通过后，在原许可证上标注变更信息或换发新证。
     
   • 注意事项：若未及时办理变更登记，可能面临警告、罚款等行政处罚（《烟草专卖许可证管理办法》第56条）。

2. 若法人发生变更（即原法人退出，新法人接手）
   根据《烟草专卖许可证管理办法》第13条，烟草专卖零售许可证的持证人需为实际经营主体。若法人变更，原许可证自动失效，需重新申领，而非直接变更。

   • 操作步骤：
     （1）注销原证：原法人需向烟草专卖局申请注销原许可证；
     （2）新法人申领：新法人需以自身名义重新提交申请，材料包括：
     

        - 新营业执照；  
        - 法定代表人身份证明；  
        - 经营场所证明（如租赁合同）；  
        - 符合当地烟草制品零售点合理布局规划的证明（如距离学校、幼儿园等敏感区域的距离要求）；  
        - 其他可能要求的材料（如资金证明、无犯罪记录证明等）。  
     

     （3）审核与发证：烟草专卖局实地核查经营场所后，决定是否核发新证。
   • 注意事项：
     
     • 新法人需满足当地烟草专卖局的准入条件（如资金、场所、信用等）；
       
     • 若原法人未注销许可证即转让，可能面临行政处罚，且新法人无法合法经营。

3. 若超市同时涉及股权转让与法人变更
   需同步处理工商变更与烟草许可证变更/申领：

   • 工商变更：先完成股东、法人等信息的工商登记变更；
     
   • 烟草许可证处理：根据法人是否变更，按上述第1或第2种情况操作；
     
   • 时间衔接：建议工商变更完成后立即处理烟草许可证事宜，避免无证经营。

风险提示：

• 烟草专卖零售许可证具有“一店一证”原则，不得转让、出租或出借；
  
• 若超市存在未结清的烟草货款或违规记录，可能影响新法人申领许可证；
  
• 变更过程中需确保经营场所符合当地规划要求，否则可能被拒发新证。

如有进一步疑问或需协助准备材料，可直接向我咨询。