结论：个体户变更经营者后，原经营者与新经营者之间签订协议约定原经营者占百分之90的股份，这一安排在法律上并不直接受禁止，但具体能否实现及合法性需结合个体户的性质、变更经营者的方式以及相关协议的具体内容来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 个体户的性质与变更经营者的法律后果

   • 个体户，即个体工商户，在法律上通常被视为自然人从事工商业经营的一种形式，其并不具备法人资格，也不存在“股份”这一概念。个体户的经营权、财产权等通常与经营者个人紧密相连。
   • 当个体户变更经营者时，实际上是在变更其经营主体，即原经营者退出，新经营者接手。这一变更通常涉及经营权的转让，而非股份的转让，因为个体户本身并不发行股份。

2. 协议约定的法律效力与可行性

   • 尽管个体户不存在股份，但原经营者与新经营者之间仍可以签订协议，就经营权的转让、利润分配、债务承担等事项进行约定。这种协议在法律上属于民事合同，只要内容合法、双方意思表示真实，即具有法律效力。
   • 若协议中约定原经营者占“百分之90的股份”，这一表述虽不严谨（因为个体户无股份），但可以理解为原经营者在某种合作或利润分配机制中享有90%的权益。这种约定在双方自愿且不违反法律强制性规定的前提下，是可行的。

3. 可能涉及的法律风险与注意事项

   • 协议内容合法性：协议内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，否则可能导致协议无效或部分无效。
   • 债务承担：个体户变更经营者后，原经营者可能仍需对变更前的债务承担责任，除非与新经营者有明确约定且债权人同意。因此，在协议中应明确债务承担方式。
   • 税务与财务处理：变更经营者可能涉及税务登记变更、财务账目交接等问题，需按照相关法律法规进行妥善处理。
   • 消费者权益保护：若个体户在变更经营者过程中涉及消费者权益问题（如预付款、售后服务等），需确保消费者权益不受损害，否则可能面临法律责任。

4. 建议与操作步骤

   • 明确协议内容：在签订协议前，双方应明确各自的权利义务，包括但不限于经营权的转让、利润分配、债务承担、税务处理等。
   • 咨询专业人士：鉴于个体户变更经营者及签订相关协议涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师或法律顾问，以确保协议的合法性和有效性。
   • 办理相关手续：按照当地工商行政管理部门的要求，办理个体户经营者的变更登记手续，并更新税务登记、银行账户等相关信息。

总结：个体户变更经营者后，原经营者与新经营者之间签订协议约定原经营者占某种权益比例（如表述为“百分之90的股份”虽不严谨但可理解为权益比例）是可行的，但需确保协议内容合法、双方意思表示真实，并办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。