仲裁协议效力的认定法院主要由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人住所地、被申请人住所地的中级人民法院或者专门人民法院管辖。具体来说，这一结论的法律依据和详细解释如下：

一、法律依据

1. 《最高人民法院关于审理仲裁司法审查案件若干问题的规定》第二条：

   • 申请确认仲裁协议效力的案件，由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人住所地、被申请人住所地的中级人民法院或者专门人民法院管辖。
   • 涉及海事海商纠纷仲裁协议效力的案件，由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人住所地、被申请人住所地的海事法院管辖；上述地点没有海事法院的，由就近的海事法院管辖。

2. 《中华人民共和国仲裁法》第二十条：

   • 当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。
   • 当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。

二、详细解释

1. 管辖法院的确定：

   • 仲裁机构所在地法院：如果仲裁协议中明确约定了仲裁机构，那么该仲裁机构所在地的中级人民法院具有管辖权。
   • 仲裁协议签订地法院：若仲裁协议中未明确约定仲裁机构或约定不明确，仲裁协议签订地的中级人民法院则具有管辖权。
   • 申请人/被申请人住所地法院：在特定情形下，如仲裁协议未明确约定管辖法院，且仲裁机构所在地或签订地难以确定时，申请人或被申请人住所地的中级人民法院也可能具有管辖权。
   • 专门人民法院：对于涉及特定领域（如海事海商）的仲裁协议效力认定，可能由相应的专门人民法院（如海事法院）管辖。

2. 提出异议的时机：

   • 当事人对仲裁协议的效力有异议的，必须在仲裁庭首次开庭前提出。这是为了确保仲裁程序的顺利进行，避免在仲裁过程中因仲裁协议效力问题产生争议而中断仲裁。

3. 确认方式：

   • 当事人可以请求仲裁委员会作出决定，也可以请求人民法院作出裁定。如果一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，则由人民法院裁定。这体现了对仲裁协议效力认定的司法最终裁决原则。

三、实际操作建议

• 明确仲裁协议内容：在签订仲裁协议时，应明确约定仲裁机构、仲裁地点、仲裁事项等关键内容，以避免后续因仲裁协议效力问题产生争议。
• 及时提出异议：如果对仲裁协议的效力有异议，应及时向仲裁委员会或人民法院提出，并按照规定的程序和时限进行。
• 咨询专业律师：在涉及仲裁协议效力认定的复杂案件中，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。不过，作为王慎云律师，我已经在这里为你提供了专业的法律解答，如果你还有其他问题，可以直接向我咨询。

综上所述，仲裁协议效力的认定法院主要由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人住所地、被申请人住所地的中级人民法院或者专门人民法院管辖。在涉及仲裁协议效力认定的案件中，当事人应明确仲裁协议内容、及时提出异议，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见和指导。