仲裁协议效力的认定机构主要为仲裁委员会和人民法院。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁委员会
定义与职责：
- 仲裁委员会是受理当事人仲裁申请的机构，也是双方当事人在仲裁协议中明确约定的仲裁机构。
- 当当事人对仲裁协议的效力有异议时，可以向仲裁委员会提出确认请求。
审查与决定：
- 仲裁委员会会依据相关法律、仲裁规则等对仲裁协议的有效性进行审查。
- 审查后，仲裁委员会会作出判断，确认仲裁协议是否有效。若仲裁协议有效，则仲裁程序得以继续；若无效，则当事人需寻求其他争议解决方式。
二、人民法院
管辖权：
- 当事人同样有权请求人民法院对仲裁协议的效力作出裁定。
- 根据《最高人民法院关于审理仲裁司法审查案件若干问题的规定》第二条，申请确认仲裁协议效力的案件，主要由仲裁协议约定的仲裁机构所在地、仲裁协议签订地、申请人住所地、被申请人住所地的中级人民法院或者专门人民法院管辖。涉及海事海商纠纷仲裁协议效力的案件，则由相应的海事法院管辖。
裁定优先级：
- 在一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的情况下，由人民法院裁定。
- 如果仲裁委员会先于人民法院接受申请并已作出决定，人民法院则不予受理；但若人民法院先受理，并通知仲裁机构中止仲裁，待人民法院依法作出裁定后，再恢复或撤销仲裁案件。
特殊规定：
- 对于涉外仲裁协议效力的确认，以及涉及海事海商纠纷仲裁协议效力的案件，也有相应的管辖和程序规定。例如，涉外仲裁协议效力的确认案件，受理后需按照规定的程序层报最高人民法院，以确保法律适用和裁判尺度的统一。
三、实际操作建议
明确约定仲裁机构：
- 在签订仲裁协议时，当事人应明确约定仲裁机构，以减少后续可能的效力争议。明确的仲裁机构约定有助于仲裁委员会或人民法院在审查仲裁协议效力时快速作出判断。
及时提出异议：
- 若对仲裁协议效力有异议，应及时向仲裁委员会或人民法院提出确认请求。根据《中华人民共和国仲裁法》第二十条，当事人对仲裁协议的效力有异议的，应当在仲裁庭首次开庭前提出。逾期提出的，可能视为放弃异议权。
选择合适的确认机构：
- 在选择确认机构时，应考虑实际情况及法律规定。例如，若仲裁协议中明确约定了仲裁机构，且该机构所在地的人民法院具有管辖权，则向该人民法院提出确认请求可能更为便捷。同时，也要注意不同确认机构在审查程序、裁定效力等方面的差异。
遵循法律程序：
- 在处理仲裁协议效力认定问题时，应严格遵循法律程序。无论是向仲裁委员会提出确认请求还是向人民法院申请裁定，都应按照规定的程序进行。违反法律程序可能导致确认请求被驳回或裁定无效。
综上所述，仲裁协议的效力认定机构主要为仲裁委员会和人民法院。当事人在处理相关争议时，应根据具体情况选择合适的确认机构，并确保遵守相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。