关于申请确认仲裁协议效力的法院处理问题，这是一个涉及法律程序和管辖权的重要事项。以下是我为您提供的详细解答：
一、管辖法院的确定
一般原则：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，申请确认仲裁协议效力的案件，主要由仲裁机构所在地的中级人民法院管辖。这是基于仲裁协议与仲裁机构之间的紧密联系，以及确保法律适用和裁判尺度的统一性。
特殊情况下的管辖：
- 如果仲裁协议中未明确约定仲裁机构或约定不明确，那么仲裁协议签订地的中级人民法院也具有管辖权。
- 在某些特定情形下，如申请人或被申请人住所地的中级人民法院，也可能根据具体情况获得管辖权。
- 对于涉及海事海商纠纷的案件，由相应的海事法院管辖。若上述地点没有海事法院，则由就近的海事法院管辖。
- 涉外仲裁协议的效力确认，同样遵循上述原则，但受理后需按照规定的程序层报最高人民法院。
基层人民法院的特殊情况：
- 在一些符合条件的特殊案件中，经最高人民法院批准的基层人民法院也可以受理确认仲裁协议效力的案件。但这属于例外情况，需严格遵循相关法律规定和审批程序。
二、确认程序与效力
提出异议的时限：
- 当事人对仲裁协议的效力有异议的，应当在仲裁庭首次开庭前提出。这是为了确保仲裁程序的顺利进行和避免不必要的延误。
确认方式：
- 当事人可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。如果一方请求仲裁委员会作出决定，而另一方请求人民法院作出裁定，那么最终由人民法院裁定。
仲裁协议对人民法院的效力：
- 有效的仲裁协议排除人民法院对争议案件的管辖权。这意味着，一旦当事人达成有效的仲裁协议，他们就不能再向人民法院提起诉讼，除非仲裁协议无效。
- 对仲裁机构基于有效仲裁协议所作出的有效裁决，法院负有执行职责。这是为了维护仲裁裁决的权威性和执行力。
三、实际操作建议
鉴于确认仲裁协议效力的法院选择过程相对复杂，且涉及多种因素，我建议您在实际操作中咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况和需求，提供更准确的法律意见和指导，确保您的权益得到有效保护。
综上所述，申请确认仲裁协议效力的法院处理问题涉及多个方面和因素。为了确保您的权益得到妥善处理，我建议您在遇到此类问题时及时咨询专业律师并遵循相关法律法规的规定。