在刑事案件中，若没有直接证据证明主从犯关系，司法机关会依据现有证据综合判断，结合行为人在共同犯罪中的地位、作用、参与程度、获利情况等因素进行认定。以下是具体处理方式：

1. 依据现有证据综合判断
   即使没有直接证据（如口供、书面协议等），司法机关仍可通过间接证据（如转账记录、通讯记录、现场监控、证人证言等）推断主从犯关系。例如：

   • 若行为人提供资金、工具或策划犯罪，可能被认定为主犯；
     
   • 若行为人仅受他人指使、协助实施犯罪，且作用较小，可能被认定为从犯。
     

2. 从犯的认定与量刑
   根据《刑法》第二十七条，从犯应当从轻、减轻处罚或者免除处罚。若证据显示行为人起次要或辅助作用，即使无法明确主犯身份，仍可单独认定其为从犯并依法量刑。

3. 证据不足时的处理原则

   • 若完全无法证明行为人参与共同犯罪，或证据不足以排除合理怀疑，根据疑罪从无原则，行为人可能被判无罪；
     
   • 若能证明行为人参与犯罪，但无法区分主从，司法机关可能不区分主从犯，按一般共同犯罪处理，但量刑时会考虑各被告人的具体作用。
     

4. 辩护策略建议

   • 强调作用较小：通过证据证明行为人未参与策划、未分赃或分赃极少、未直接实施核心行为等；
     
   • 质疑证据充分性：若控方证据无法形成完整链条，可主张无法认定主从犯关系，争取从轻量刑；
     
   • 利用从犯条款：即使未明确区分主从，也可依据《刑法》第二十七条主张从宽处罚。
     

总结：没有直接证据证明主从犯时，司法机关会通过间接证据综合判断行为人的地位和作用。若证据不足，可能不区分主从或直接认定从犯，但最终需结合具体案情和证据链完整性。如有疑问，可进一步向我咨询具体案件细节。