结论：公司因员工迟到进行扣款是否合理，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度是否合法、合理，以及扣款方式是否符合法律规定。

1. 公司规章制度合法且合理时，扣款可能被视为合理
   根据《劳动合同法》第四条，公司有权依法制定规章制度，但需满足两个条件：

   • 程序合法：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并公示或告知员工；
     
   • 内容合法：扣款金额不得超过法定标准，且不得违反法律强制性规定（如最低工资标准）。
     若公司规章制度符合上述要求，且明确规定了迟到扣款的具体标准（如迟到一次扣当日工资的10%，但每月累计扣款不超过月工资的20%），则扣款行为可能被认定为合理。

2. 公司规章制度不合法或不合理时，扣款可能被视为违法
   若公司规章制度存在以下情形，扣款行为可能被认定为违法：

   • 程序违法：规章制度未经民主程序制定，或未向员工公示；
     
   • 内容违法：扣款金额过高（如迟到一次扣全天工资），或违反最低工资标准（如扣款后员工工资低于当地最低工资标准）；
     
   • 缺乏合理性：扣款标准明显不合理（如迟到1分钟与迟到1小时扣款相同），或未给予员工申诉机会。
     在此情形下，员工有权要求公司返还违法扣款，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 扣款方式需符合法律规定
   即使公司规章制度合法，扣款方式也需符合《工资支付暂行规定》第十六条的规定：

   • 因员工过错造成经济损失时：公司可要求员工赔偿，但每月扣款不得超过月工资的20%，且扣款后工资不得低于最低工资标准；
     
   • 非因员工过错时：公司不得随意扣款（如因交通拥堵等不可抗力导致迟到）。
     若公司扣款方式违反上述规定，员工有权主张权利。

建议：

• 若公司扣款行为合法合理，员工应遵守规章制度；
  
• 若认为公司扣款违法或不合理，可先与公司协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 保留相关证据（如考勤记录、工资条、规章制度等），以便维权时使用。
  

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