合同上有修改痕迹且未按手印，签字并不直接视为合同作废。合同的有效性主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实以及合同是否满足法定形式要求等多个因素。针对您提出的问题，我们可以从以下几个角度进行分析：

1. 合同修改的法律效力：

   • 合同在履行过程中，双方协商一致可以对合同内容进行修改。这种修改可以是口头的，也可以是书面的。如果修改是双方真实意思的表示，并且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么修改后的合同内容是有效的。
   • 修改痕迹本身并不直接导致合同作废，关键在于修改是否得到了双方的认可，并且是否符合法律的规定。

2. 手印与签字在合同中的法律效力：

   • 手印和签字都是证明合同双方身份和意思表示真实性的方式。在法律上，签字通常被视为对合同内容的认可和接受，而手印则可能作为辅助证据，增强签字的真实性。
   • 然而，并非所有合同都必须按手印才有效。只要签字是真实的，且合同内容合法、双方意思表示真实，合同就是有效的。

3. 合同作废的法定情形：

   • 合同作废通常指的是合同因某种原因（如欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等）被撤销或宣告无效。
   • 单纯的修改痕迹和未按手印，并不构成合同作废的法定情形。除非修改内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者修改是未经双方协商一致的单方面行为，才可能影响合同的效力。

4. 实际操作建议：

   • 如果合同上有修改痕迹，建议双方对修改内容进行确认，并签署补充协议或修改条款，以明确双方的权利和义务。
   • 如果担心合同的真实性或有效性，可以寻求法律途径进行确认，如通过公证、律师见证等方式增强合同的证明力。

总结来说，合同上有修改痕迹且未按手印，并不直接导致合同作废。关键在于修改是否得到双方认可、合同内容是否合法以及双方意思表示是否真实。如果您对合同的有效性有疑问，或者需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。