结论：房屋买卖协议中未注明门禁系统费由谁承担时，具体责任归属需结合合同条款、交易习惯、双方协商及法律规定综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同条款优先原则

1. 合同有约定：若买卖双方在协议中明确约定了门禁系统费的承担方（如买方承担、卖方承担或按比例分摊），则直接依据合同约定执行。这是合同自由原则的体现，双方应严格遵守。
2. 合同无约定：若协议中未提及门禁系统费，则需进一步分析其他因素。

二、交易习惯与行业惯例

1. 当地交易习惯：在某些地区或小区，门禁系统费可能被视为物业管理费的一部分，由业主（即买方）承担。若当地有此类交易习惯，且双方在签约时未明确排除，则可能推定买方承担。
2. 行业惯例：房地产行业中，门禁系统费通常与物业管理费一同收取，由业主承担。但这一惯例并非绝对，需结合具体合同和地区情况判断。

三、双方协商与补充协议

1. 协商解决：在合同无约定且交易习惯不明确的情况下，买卖双方可通过协商确定门禁系统费的承担方。协商过程中，双方可参考类似案例、市场行情等因素，达成公平合理的解决方案。
2. 补充协议：若双方协商一致，可签订补充协议明确门禁系统费的承担方式。补充协议与原合同具有同等法律效力，双方应严格遵守。

四、法律规定与司法实践

1. 法律规定：根据《中华人民共和国民法典》第五百一十条：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。”因此，在合同无约定时，可依据交易习惯或双方协商确定门禁系统费的承担方。
2. 司法实践：在司法实践中，法院通常会综合考虑合同条款、交易习惯、双方协商情况等因素，判断门禁系统费的承担方。若双方均无法提供充分证据证明自己的主张，法院可能根据公平原则进行裁决。

五、特殊情况下的责任归属

1. 卖方未披露信息：若卖方在签约时未向买方披露门禁系统费的存在或金额，导致买方在不知情的情况下签约，买方可能主张卖方承担部分或全部费用。但这一主张需买方提供充分证据证明卖方存在过错。
2. 买方使用需求：若门禁系统费与买方的使用需求直接相关（如买方需要频繁使用门禁系统），且卖方在签约时未明确告知买方需承担该费用，买方可能主张按使用比例分摊费用。但这一主张同样需买方提供充分证据支持。

建议：为避免类似纠纷，建议在房屋买卖协议中明确约定门禁系统费的承担方、金额及支付方式等条款。若协议已签订但未约定相关内容，双方可尽快协商签订补充协议或参考当地交易习惯和行业惯例进行解决。如有需要，可随时向我咨询具体法律问题。