企业自有房屋租赁并不归自然局管理，且只要符合法律规定，就是合法的。以下从不同角度为你详细分析：

管理部门角度

企业自有房屋的租赁活动，主要受到住房和城乡建设部门（在部分地区可能具体到房屋租赁管理办公室等下属机构）以及市场监管部门的监管，而非自然局（通常指自然资源局，主要负责土地、矿产等自然资源的规划、管理等工作）。住房和城乡建设部门会关注租赁合同的备案、租赁市场的秩序等方面；市场监管部门则会对租赁过程中的市场经营行为，如是否存在欺诈、不正当竞争等进行监管。

合法性角度

企业自有房屋进行租赁，只要满足以下条件，就是合法有效的：

1. 房屋产权清晰：企业必须对该房屋拥有合法的产权，这是租赁行为的基础。如果房屋存在产权纠纷，如共有权人之间对租赁有争议，或者房屋处于抵押、查封等状态，可能会影响租赁的合法性。例如，企业将一处已经抵押给银行的房屋进行租赁，若未经银行同意，在后续抵押权实现时，可能会给承租人带来风险，也可能引发法律纠纷。
2. 遵守法律法规和政策规定：租赁活动要遵守国家关于房屋租赁的相关法律法规，如《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同的规定。同时，还要符合当地政府出台的房屋租赁政策，比如一些城市对租赁房屋的面积、用途、消防安全等方面有具体要求。例如，某些城市规定，用于居住的租赁房屋必须符合一定的消防安全标准，若企业将不符合标准的房屋出租，就属于违法行为。
3. 签订合法有效的租赁合同：企业和承租人应当签订书面租赁合同，明确双方的权利和义务，包括租赁期限、租金及支付方式、房屋用途、维修责任等条款。合同内容要合法合规，不得存在违反法律法规强制性规定的条款。例如，合同中不能约定承租人承担所有房屋维修责任，而免除企业作为出租人的基本维修义务。

法律后果角度

如果企业自有房屋租赁不符合上述条件，可能会面临以下法律后果：

1. 合同无效风险：若房屋产权存在瑕疵，或者租赁行为违反法律法规的强制性规定，租赁合同可能会被认定为无效。合同无效后，企业可能需要返还承租人已支付的租金，同时承担因合同无效给承租人造成的损失。
2. 行政处罚：如果企业未按照规定办理租赁合同备案等手续，或者违反当地房屋租赁政策，可能会受到相关部门的行政处罚，如罚款等。
3. 民事纠纷：在租赁过程中，如果因为房屋质量问题、租金支付问题等引发纠纷，企业可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决，这不仅会耗费大量的时间和精力，还可能影响企业的声誉和正常经营。

企业在将自有房屋进行租赁时，要确保房屋产权清晰，遵守相关法律法规和政策规定，签订合法有效的租赁合同，以避免不必要的法律风险。如果你在房屋租赁过程中遇到任何法律问题，都可以直接向我咨询。