公司出具的工伤认定书面证明，在符合法定条件和程序的情况下是有效的，但最终工伤认定应以社会保险行政部门的决定为准。以下是对这一问题的详细分析：
一、公司出具工伤认定书面证明的效力
初步证明作用：
- 公司出具的工伤认定书面证明，可以作为员工受伤情况的一种初步证明。它表明公司承认员工是在工作过程中或因工作原因受伤，这有助于员工在后续申请工伤认定时提供初步的证据。
非最终认定：
- 然而，公司出具的书面证明并不等同于社会保险行政部门的工伤认定决定。工伤认定是一个法定的程序，需要由社会保险行政部门根据相关法律法规和证据进行综合判断后作出决定。
二、工伤认定的法定程序
申请主体：
- 根据《工伤保险条例》的规定，工伤认定的申请主体包括用人单位、工伤职工或者其近亲属、工会组织。用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
申请材料：
- 申请工伤认定时，需要提交工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）等材料。
认定决定：
- 社会保险行政部门在收到工伤认定申请后，会进行调查核实，并根据相关法律法规和证据作出工伤认定决定。该决定是最终的、具有法律效力的认定结果。
三、公司出具书面证明与工伤认定决定的关系
辅助作用：
- 公司出具的书面证明可以作为申请工伤认定时的辅助材料，有助于社会保险行政部门了解员工受伤的基本情况。
非决定性因素：
- 但公司出具的书面证明并不是工伤认定的决定性因素。社会保险行政部门在作出工伤认定决定时，会综合考虑所有相关证据和材料，包括公司的书面证明、医疗诊断证明、事故现场调查等。
四、建议
及时申请工伤认定：
- 如果员工在工作中受伤，建议尽快向公司报告，并要求公司出具书面证明。同时，员工或其近亲属也应在规定时间内向社会保险行政部门申请工伤认定。
保留相关证据：
- 在申请工伤认定过程中，员工应保留好所有与受伤相关的证据和材料，如医疗诊断证明、事故现场照片、证人证言等。这些证据将有助于社会保险行政部门作出准确的工伤认定决定。
咨询专业律师：
- 如果在工伤认定过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师（当然，你可以直接向我咨询，我专注于交通事故、劳动纠纷等领域）。律师将能够提供专业的法律意见和帮助，维护员工的合法权益。
综上所述，公司出具的工伤认定书面证明在符合法定条件和程序的情况下是有效的，但最终工伤认定应以社会保险行政部门的决定为准。员工在受伤后应及时申请工伤认定，并保留好相关证据和材料。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。