若公安认定有罪但已超过诉讼期，案件将依法不再追诉，但存在特殊例外情形。以下从不同角度为你详细分析：

一、一般情况：超过诉讼期，不再追诉

1. 诉讼时效的法律规定
   根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，犯罪的追诉期限根据法定最高刑确定：

   • 法定最高刑不满五年有期徒刑的，追诉期为五年；
     
   • 法定最高刑五年以上不满十年有期徒刑的，追诉期为十年；
     
   • 法定最高刑十年以上有期徒刑的，追诉期为十五年；
     
   • 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉期为二十年。
     如果超过上述追诉期限，且未出现法定例外情形，司法机关将不再追究刑事责任。

2. 公安认定有罪的效力
   公安的认定属于侦查阶段的结论，需经检察院审查起诉、法院审判后才能最终定罪。若案件已超追诉期，检察院将依法作出不起诉决定，法院也不会受理，公安的认定无法转化为有效判决。

二、特殊例外：追诉期可延长或重新计算

1. 已立案或受理的案件
   根据《刑法》第八十八条，若案件在追诉期内已被公安机关立案侦查，或法院已受理案件，则不受追诉期限制。即使后续因证据不足等原因未进入审判阶段，只要曾立案或受理，仍可追诉。

2. 被害人控告未立案的情形
   若被害人在追诉期内已向公安机关报案，公安机关应立案而未立案，被害人可向检察院提出立案监督请求。此时，追诉期从被害人报案之日起计算，不受原期限限制。

3. 追诉期内又犯罪的情形
   根据《刑法》第八十九条，若犯罪嫌疑人在追诉期内又犯新罪，前罪的追诉期从犯后罪之日起重新计算。例如，甲在2010年犯罪（追诉期10年），2015年又犯罪，则前罪的追诉期从2015年起重新计算10年。

三、实务建议：如何应对此类情况

1. 核实诉讼时效
   需结合具体罪名和法定刑，准确计算追诉期。例如，故意伤害罪（轻伤）法定最高刑为三年，追诉期为五年；若造成重伤，法定最高刑为十年，追诉期为十五年。

2. 收集关键证据
   若案件接近追诉期，需尽快固定证据（如报案记录、证人证言、鉴定意见等），避免因证据灭失导致无法追诉。

3. 咨询专业律师
   诉讼时效问题涉及法律适用和证据审查，建议委托律师分析案件是否符合追诉条件，或是否存在延长追诉期的可能。

总结：若案件已超追诉期且无例外情形，司法机关将不再追诉；但若符合立案、被害人控告未处理或追诉期内再犯罪等条件，仍可能被追诉。具体需结合案情和证据综合判断，如有疑问可进一步向我咨询。