结论：预付款扣回公式中合同累计完成金额是否包括变更和索赔额，这主要取决于合同中的具体约定。若合同中有明确条款规定变更和索赔额应计入合同累计完成金额，则应包括；若合同未明确规定或规定不包括，则通常不包括。

分析：

1. 合同约定优先：

   • 在合同纠纷中，合同的具体条款是解决争议的首要依据。如果合同中明确规定了预付款扣回公式中合同累计完成金额的计算方式，并且明确指出变更和索赔额应计入其中，那么应当遵循合同的约定。
   • 例如，合同可能规定：“合同累计完成金额包括合同原价、变更金额及索赔金额，用于计算预付款的扣回。”在此情况下，变更和索赔额显然应计入合同累计完成金额。

2. 合同未明确规定时的处理：

   • 如果合同中没有明确规定变更和索赔额是否应计入合同累计完成金额，那么需要根据合同的性质、目的以及行业惯例等因素进行综合判断。
   • 在一些情况下，变更和索赔额可能被视为合同履行过程中的额外费用或损失，因此不被计入合同累计完成金额。然而，在其他情况下，特别是当变更和索赔额是合同履行过程中不可避免的一部分时，它们可能被视为合同累计完成金额的一部分。

3. 行业惯例和交易习惯：

   • 在某些行业或交易中，可能存在特定的惯例或习惯做法，这些惯例或习惯做法可能对合同累计完成金额的计算产生影响。
   • 例如，在建筑工程领域，变更和索赔是常见的现象，且通常会被计入合同总价或合同累计完成金额中。因此，在处理此类纠纷时，应考虑行业惯例和交易习惯。

4. 法律原则和规定：

   • 在缺乏合同明确规定和行业惯例的情况下，应依据相关法律原则和规定进行判断。例如，根据《民法典》中关于合同履行和违约责任的规定，如果变更和索赔是由于一方违约或合同履行过程中的其他原因导致的，那么这些费用可能应由违约方承担，并可能计入合同累计完成金额中（如果合同有此约定或法律有此规定）。

建议：

• 在签订合同时，应明确约定预付款扣回公式中合同累计完成金额的计算方式，包括是否包括变更和索赔额。
• 在合同履行过程中，如发生变更或索赔情况，应及时与对方协商并记录在案，以便在计算预付款扣回时有所依据。
• 如发生纠纷，应首先依据合同约定进行处理；如合同未明确规定，则应考虑行业惯例、交易习惯以及相关法律原则和规定进行综合判断。

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