预付款扣回的已完成工作通常包含变更和索赔部分，但具体是否包含需依据合同条款确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同条款的约定
明确约定：如果合同中明确规定了预付款扣回的范围包括已完成工作的变更和索赔部分，那么按照合同约定执行即可。这种情况下，变更和索赔部分的工作成果，只要被认定为已完成，其对应的预付款就可以被扣回。
未明确约定：如果合同中没有明确规定预付款扣回的范围是否包括变更和索赔部分，那么就需要根据合同的整体解释、交易习惯以及相关法律法规来进行判断。一般来说，如果变更和索赔部分的工作是合同履行过程中不可避免的，且已经得到了双方的认可和确认，那么这部分工作的预付款也有可能被扣回。但具体是否扣回，还需要结合实际情况和双方的协商结果来确定。
二、变更和索赔的性质
变更：合同变更通常是在合同履行过程中，由于各种原因（如设计变更、工程量增减等）导致合同内容需要调整的情况。如果变更部分的工作已经完成，并且得到了双方的认可和确认，那么这部分工作的预付款在合同有约定或双方协商一致的情况下，是可以被扣回的。
索赔：索赔通常是由于一方违约或未履行合同义务，导致另一方遭受损失而提出的赔偿要求。如果索赔部分的工作已经完成，并且索赔请求得到了双方的认可和确认（或者通过法律程序得到了支持），那么这部分工作的预付款在合同有约定、双方协商一致或法律有规定的情况下，同样有可能被扣回。但需要注意的是，索赔部分的预付款扣回可能涉及到更多的法律问题和争议点，需要谨慎处理。
三、实际操作中的建议
审查合同条款：在处理预付款扣回问题时，首先要仔细审查合同条款，明确预付款扣回的范围和条件。如果合同中有明确规定，就按照合同约定执行；如果合同中没有明确规定，就需要结合实际情况和双方的协商结果来确定。
保留相关证据：在处理变更和索赔部分的工作时，要保留好相关的证据材料（如变更通知、索赔报告、确认文件等），以便在需要时证明已完成工作的性质和范围。
协商与调解：如果双方在预付款扣回问题上存在争议，可以尝试通过协商和调解的方式来解决。在协商和调解过程中，要充分表达自己的观点和诉求，同时也要尊重对方的意见和利益，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：如果协商和调解无法解决问题，可以考虑通过法律途径来解决。在提起诉讼或申请仲裁前，要准备好相关的证据材料和法律文件，确保自己的权益得到充分保障。
举例说明：假设一个建设工程施工合同中约定了预付款扣回的条款，但未明确是否包括变更和索赔部分。在施工过程中，由于设计变更导致工程量增加，承包人提出了变更申请并得到了发包人的认可。同时，由于发包人未按时支付工程款，承包人提出了索赔请求并得到了法律的支持。在这种情况下，如果双方协商一致或根据合同的整体解释和交易习惯认为变更和索赔部分的工作预付款可以被扣回，那么就可以按照协商结果或法律规定来执行。
如果您在处理预付款扣回问题时遇到任何疑问或困难，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。