结论：学校是否可以用与个体工商户签订的劳动合同作为发放毕业证的依据，需分情况讨论，一般情况下不可以，但若该劳动合同与学业要求直接相关且符合学校规定，则可能被认可。以下从不同角度详细分析：

一、劳动合同与毕业证发放的常规关系

1. 法律性质不同
   劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利义务的协议，受《劳动合同法》调整；而毕业证是学校对学生在校期间完成学业、达到毕业标准的证明，属于教育管理范畴。二者法律性质不同，通常无直接关联。

2. 学校发放毕业证的常规条件
   学校发放毕业证的核心条件是学生完成教学计划规定的全部课程且成绩合格，或满足其他毕业要求（如论文答辩通过、实习达标等）。劳动合同的签订与否，一般不作为毕业条件。

二、特殊情况下的可能性分析

1. 学校规定将劳动合同作为毕业条件
   若学校明确将“与特定单位（如个体工商户）签订劳动合同”作为毕业要求（例如某些校企合作专业、定向培养项目），且该规定不违反法律法规强制性规定（如《教育法》《高等教育法》中关于毕业条件的规定），则可能被认可。但需注意：

   • 合理性审查：学校规定需与学业直接相关，例如劳动合同内容涉及实习、实践课程等，而非单纯要求就业。
   • 程序合法性：学校需通过合法程序制定规定（如经校务会议审议、公示等），且不得强制学生签订特定合同。

2. 个体工商户的特殊性
   个体工商户作为用人单位，与劳动者签订的劳动合同受法律保护。但学校若要求与个体工商户签订合同，需确保：

   • 合同内容合法：不得包含违法条款（如押金、扣押证件等）。
   • 合同与学业关联性：例如合同约定学生需在个体工商户处完成实习，且实习成绩计入毕业考核。

三、法律风险提示

1. 学校规定无效的情形
   若学校规定“不签合同就不发毕业证”且无法证明合同与学业直接相关，可能涉嫌滥用管理权，学生可依据《教育法》第八十二条（学校侵犯学生合法权益的法律责任）向教育主管部门投诉，或通过行政诉讼维权。

2. 学生权益保护建议

   • 核实规定合法性：要求学校出具书面规定，并咨询法律人士审查其合法性。
   • 保留证据：若因未签合同被拒发毕业证，保存成绩单、课程完成证明等材料，证明已满足毕业条件。
   • 协商或投诉：优先与学校协商；协商无果可向当地教育行政部门反映情况。

四、延伸思考：劳动合同与学业结合的合法模式

若学校希望促进学生就业，可通过以下合法方式将劳动合同与学业结合：

1. 校企合作项目：与用人单位签订合作协议，明确学生实习、实践环节的考核标准，并将实习成绩纳入毕业要求。
2. 选修课程：开设与职业相关的选修课，允许学生通过签订劳动合同完成课程实践（如“企业法律实务”课程要求学生到律所实习）。

总结：学校通常不能仅以未与个体工商户签订劳动合同为由拒发毕业证，除非该合同与学业直接相关且符合学校合法规定。若遇此类问题，建议学生先核实学校规定，再根据实际情况选择协商、投诉或法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。