非法营运两年后是否还会被罚款，需分情况讨论：

1. 若违法行为未被发现或未被立案查处
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年）。因此，若非法营运行为在两年内未被交通执法部门发现或立案，通常不再处罚。但需注意：

   • 例外情形：若该行为属于“涉及公民生命健康安全且有危害后果”的范畴（如非法载客导致交通事故），处罚期限可能延长至五年。
     
   • 关键点：是否“被发现”或“立案”以执法部门记录为准，而非以违法行为发生时间起算。

2. 若违法行为已被立案但未执行处罚
   若执法部门在两年内已立案调查，但因故未作出处罚决定（如案件移送、当事人逃避等），则不受两年期限限制。此时，即使超过两年，执法部门仍可依法作出处罚。

3. 若已作出处罚决定但未执行
   若行政处罚决定已生效（如罚款决定书已送达），但当事人未履行义务（如未缴纳罚款），则执法部门可依法申请强制执行，不受两年期限限制。此时可能面临滞纳金、强制执行等后果。

建议：

• 若您曾涉及非法营运行为，可先确认是否已被执法部门立案或处罚。
  
• 若未被处理且超过两年，一般可不再担心行政处罚，但需警惕例外情形。
  
• 若已收到处罚决定，务必及时履行义务，避免进一步法律风险。
  

如有具体案件细节或疑问，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。