可以分别进行罚款。具体分析如下：

1. 未竣工验收交付使用的法律责任
   根据《中华人民共和国建筑法》第六十一条规定，建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。若建设单位违反此规定，将未经验收或验收不合格的工程交付使用，根据《建设工程质量管理条例》第五十八条，由建设行政主管部门或其他有关部门责令改正，处工程合同价款2%以上4%以下的罚款；造成损失的，依法承担赔偿责任。

2. 未消防验收交付使用的法律责任
   根据《中华人民共和国消防法》第十三条规定，依法应当进行消防验收的建设工程，未经消防验收或者消防验收不合格的，禁止投入使用；其他建设工程经依法抽查不合格的，应当停止使用。若建设单位违反此规定，根据《消防法》第五十八条，由住房和城乡建设主管部门、消防救援机构按照各自职权责令停止施工、停止使用或者停产停业，并处三万元以上三十万元以下罚款。

3. 两行为的独立性及处罚的叠加性
   竣工验收与消防验收是两个独立的行政许可程序，分别对应工程质量与消防安全两个不同的监管领域。若建设单位同时存在未竣工验收交付使用和未消防验收交付使用的行为，行政机关可依据不同法律条款分别立案查处，并叠加处罚。但需注意：

   • 若两行为存在牵连关系（如未竣工验收直接导致未消防验收），部分地区可能按“一事不再罚”原则选择较重处罚，但实践中多数地区支持分别处罚；
     
   • 处罚前需确保行政机关具有相应职权（如消防验收职能已划转至住建部门的地区，由住建部门统一处罚消防问题）。

建议：若您面临此类问题，需立即停止违法行为，补办相关验收手续，并主动与监管部门沟通，争取从轻或减轻处罚。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体应对方案。