针对您提出的“员工自身疾病在厂里晕倒怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及劳动法与工伤保险条例的复杂情况。下面我将结合相关法律法规，为您详细分析并解答。
一、工伤认定与赔偿
工伤认定条件：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，若员工在工作时间和工作岗位上突发疾病晕倒，并且在48小时之内经抢救无效死亡的，这种情况可以被视同为工伤。
- 如果员工晕倒后并未死亡，但构成了伤残，或者存在职业病的风险（比如长期接触有害物质后晕倒），那么需要通过劳动能力鉴定来确认是否属于工伤范畴。
工伤赔偿项目：
- 医疗费：如果被认定为工伤，治疗费用将由工伤保险基金来支付。
- 停工留薪期工资：在停工留薪期间，员工的工资待遇将保持不变，一般这个期限不超过12个月。
- 一次性伤残补助金/工亡补助金：根据员工的伤残等级或者工亡标准来支付相应的补助金。
- 护理费、丧葬费等：这些费用将根据具体情况来确定是否支付以及支付多少。
二、非工伤情形的处理
医疗期待遇：
- 如果员工因自身疾病晕倒，并且未被认定为工伤，那么企业应根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》给予员工3-24个月的医疗期。
- 在医疗期内，企业需要支付员工不低于当地最低工资标准80%的病假工资，并且承担员工的社保费用。
疾病救济费：
- 如果医疗期满后，员工仍然无法从事原工作，企业可以选择解除劳动合同，但需要支付经济补偿金（通常是N倍月工资，N为员工的工作年限）。
- 符合条件的员工还可以申领失业保险金或者最低生活保障。
三、特殊情形下的责任划分
第三方侵权：
- 如果员工晕倒是因为他人的过错（比如同事的推搡）导致的，那么员工可以向侵权人索赔医疗费、误工费等损失。
企业过错：
- 如果企业存在安全隐患（比如高温作业没有防暑措施）、强制加班等违规行为，并且这些行为与员工晕倒有直接关系，那么企业需要承担相应的赔偿责任。
四、争议解决途径
协商调解：
- 在发生争议时，员工可以优先与企业进行协商，或者通过工会介入进行调解。
劳动仲裁：
- 如果协商调解无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，仲裁的时效为一年。
诉讼维权：
- 如果员工对仲裁结果不满意，可以在15日内向法院提起诉讼来维护自己的权益。
综上所述，员工在厂里因自身疾病晕倒后的赔偿问题需要根据具体情况和法律法规来处理。希望这些信息能够帮助您更好地理解和处理这个问题。如果您还有其他疑问或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。