员工申请离职赔偿司法立案后，可能产生的后果主要取决于离职的具体情形以及员工的主张是否合法合理。以下从不同角度进行分析：
若员工主张合法，且符合离职赔偿条件：
- 司法支持：如果员工因用人单位的违法行为（如违法辞退、未支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险等）而离职，并依法主张离职赔偿，司法机关在审查后认为员工主张合法合理的，将会支持员工的诉求，要求用人单位支付相应的赔偿金或经济补偿。
- 赔偿金额确定：赔偿金额将根据员工的工作年限、工资水平以及用人单位的违法行为性质等因素，依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规进行计算。例如，若用人单位违法辞退员工，需按经济补偿标准的两倍支付赔偿金，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付，六个月以上不满一年的，按一年计算，不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
若员工主张不合法或不合理：
- 司法驳回：如果员工的主张缺乏法律依据或证据支持，或者主张的赔偿金额过高且无法证明其合理性，司法机关在审查后可能会驳回员工的诉求。
- 承担诉讼费用：在诉讼过程中，如果员工败诉，可能还需要承担一定的诉讼费用，包括案件受理费、律师费等（具体费用承担需根据案件情况和法院判决确定）。
对用人单位的影响：
- 声誉损害：无论诉讼结果如何，用人单位涉及劳动纠纷并进入司法程序，都可能对其声誉造成一定影响，尤其是当纠纷涉及违法行为时。
- 经济成本：如果用人单位败诉，需要支付赔偿金或经济补偿，这将增加其经济成本。同时，即使胜诉，也可能因诉讼过程而产生一定的法律费用和时间成本。
- 管理改进：劳动纠纷的发生往往反映出用人单位在管理方面存在的问题。通过司法程序，用人单位可以审视自身的管理制度，及时进行改进和完善，以避免类似纠纷的再次发生。
法律建议：
- 对于员工而言，在申请离职赔偿前，应充分了解自己的权益和法律法规，确保主张合法合理。同时，积极收集相关证据，以支持自己的诉求。
- 对于用人单位而言，应严格遵守劳动法律法规，规范用工管理，避免违法行为的发生。当面临劳动纠纷时，应积极应对，通过合法途径解决纠纷，以维护自身的合法权益和声誉。
总结：员工申请离职赔偿司法立案后的后果取决于多种因素，包括离职的具体情形、员工的主张是否合法合理以及司法机关的审查结果等。因此，在处理此类问题时，建议双方都充分了解相关法律法规，并寻求专业法律人士的帮助，以确保自身权益得到妥善保障。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。