纪委来单位检查时登记了不在岗的人员，后续处理方式需结合具体情节、单位性质及规章制度综合判断，常见处理方向如下：
核实不在岗原因，区分性质
纪委首先会通过调取考勤记录、监控录像、门禁系统数据，或向同事、部门负责人核实不在岗人员的具体去向及原因。若因公外出（如开会、出差、调研等）且已履行审批手续，通常不构成违规；但若存在未经批准擅自离岗、旷工、虚报事由等行为，则可能被认定为违反工作纪律。
根据单位性质适用不同规则
- 党政机关、事业单位：依据《公务员法》《事业单位人事管理条例》及单位内部考勤制度，可能给予批评教育、书面检查、通报批评、扣发绩效、取消评优资格等处理；情节严重的（如长期旷工），可依据《公职人员政务处分法》给予警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等政务处分。
- 国有企业：参照《企业职工奖惩条例》或单位劳动纪律，可能给予警告、记过、扣发奖金、解除劳动合同等处理，具体需结合劳动合同及单位规章制度。
- 民营企业：主要依据《劳动合同法》及单位考勤制度，通常以扣发工资、警告、解除劳动合同为主，但需确保制度已向员工公示并经民主程序制定。
结合情节轻重分层处理
- 轻微情节（如短时间离岗、首次违规）：以教育整改为主，可能仅作口头或书面警告，不涉及实质性处分。
- 一般情节（如多次离岗、未履行审批手续）：可能给予通报批评、扣发绩效等处理，并要求书面检讨。
- 严重情节（如旷工连续超过15天或一年内累计超过30天）：党政机关、事业单位可开除公职；企业可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同且无需支付补偿。
特殊情形处理
- 因公外出未及时报备：若能提供有效证明（如会议通知、出差审批单），通常不追究责任，但可能要求补办手续。
- 病假、事假未获批：若符合《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等法定情形，可能按病假处理；否则按旷工处理。
- 涉嫌其他违纪违法：若不在岗与贪污、受贿、渎职等行为相关，纪委将启动立案调查，可能移送司法机关。
建议：若您或单位涉及此类情况，需第一时间配合纪委调查，如实说明情况并提供证据；单位应完善考勤制度，明确审批流程，避免因管理漏洞引发风险。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。