关于施工合同是否一定要包含预付款条款的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据多个方面进行综合考量。

首先，从法律层面来看：

施工合同的备案并不强制要求包含预付款条款。根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》及《建筑工程施工许可管理办法》等相关法律法规，施工合同的备案主要关注的是合同的合法性、完整性和真实性，而并未明确规定合同必须包含预付款。这意味着，在法律框架内，施工合同可以自由约定是否包含预付款条款。

其次，从预付款的性质与作用来看：

预付款是建设单位在施工前预先支付给施工单位的一笔资金，旨在帮助施工单位启动工程前期的准备工作，如材料购置、设备租赁、人员组织等。然而，这并不意味着预付款是施工合同的必备条款。施工合同的核心在于明确双方的权利义务关系，包括工程范围、质量、期限、价款及其支付方式等。预付款只是工程价款支付方式的一种特殊形式，并非每个施工合同都必须约定的内容。项目双方可以根据实际情况，通过其他方式解决施工前期的资金问题，如施工单位自行垫付或分期支付工程进度款等。

再者，从备案审查的关注点来看：

在施工合同备案审查过程中，主管部门主要关注的是合同是否符合法律法规的规定、合同条款是否明确完整、能否有效保障双方的权益，以及合同内容是否存在损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益的情形。只要施工合同具备法定的必备条款，且内容不违反法律法规的强制性规定，即使未约定预付款条款，也不会影响合同的备案。

最后，从实际操作和合同条款的角度来看：

虽然施工合同不强制要求包含预付款条款，但如果双方决定约定预付款，那么应详细列明预付款的金额、支付时间、支付条件及扣回方式等。这些条款应受法律保护并具有约束力，以确保双方权益得到充分保障。同时，双方应严格遵守相关法律法规和合同条款，确保预付款支付的合法性和合规性，避免不必要的法律纠纷和经济损失。

综上所述：

施工合同并不强制要求包含预付款条款。关键在于确保合同内容的真实、合法和完整性，以及合同条款能够有效保障双方的权益。在实际操作中，项目双方应根据项目的具体情况和实际需要，自由约定预付款条款，并确保其符合相关法律法规的要求。如果双方决定约定预付款，那么应详细、明确地列出相关条款，以确保合同的顺利执行和双方权益的充分保障。