核心结论：车贷还完后公司额外收取5000元是否合理，需分情况判断。若该费用无合法依据（如合同未约定、非法定费用），您有权拒绝支付；若合同有明确约定且不违法，则需按约履行。以下是具体分析：

1. 核查合同约定

• 关键点：挂靠协议中是否明确约定了“车贷还清后需支付额外费用”？若合同中有类似条款（如“管理费”“服务费”等），需进一步判断其合法性：
  • 合法情形：费用性质合理（如实际提供了管理服务）、金额未显失公平，且不违反法律强制性规定（如《民法典》第153条禁止的“高利贷”“霸王条款”）。
  • 违法情形：费用属于“变相收费”（如以“手续费”名义收取高额利息）、合同条款显失公平（如单方面加重您义务），或违反行业监管规定（如交通运输部对挂靠费用的限制）。
• 建议：立即翻阅挂靠协议，重点查看“费用条款”“违约责任”部分，确认5000元的收取依据。

2. 区分费用性质

• 若费用为“违约金”：需核查是否因您违约（如逾期还贷、未履行挂靠期间义务）导致公司损失。若您无违约行为，公司无权收取违约金。
• 若费用为“服务费”：需公司证明其提供了对应服务（如协助办理解押、代缴税费等）。若未提供服务，费用可能构成不当得利。
• 若费用为“押金返还条件”：部分挂靠协议约定“车贷还清后返还押金，但需扣除费用”，需核对押金条款是否明确约定了扣除项目及金额。

3. 应对措施

• 协商解决：与公司沟通，要求其出具费用明细及法律依据。若公司无法提供合理解释，可明确拒绝支付。
• 投诉举报：若公司存在强制收费、欺诈等行为，可向当地市场监督管理局、交通运输管理部门投诉，或通过12315平台举报。
• 法律途径：若协商、投诉无果，可向法院起诉，要求确认费用无效或返还已支付款项。需准备证据：挂靠协议、车贷还清证明、公司收费通知等。

4. 风险提示

• 若挂靠协议中存在“模糊条款”（如“其他费用”），公司可能主张5000元属于此类费用。此时需结合交易习惯、行业惯例判断其合理性。
• 若您已支付费用，可主张公司构成“不当得利”，要求返还；若未支付，可主张公司无权强制收取。

总结：先核查合同条款，明确费用性质及合法性；再与公司协商，保留证据；若协商无果，可通过投诉或诉讼维权。如有具体协议内容或细节需要分析，可直接向我咨询。