即使工资被拖欠了三年且没有直接证据，您仍然有多种法律途径来维护自己的合法权益。以下是一些具体的建议和步骤，希望能帮助您有效追回被拖欠的工资：

1. 积极收集间接证据：

   • 沟通记录：尝试与老板进行平和沟通，并记录下其承认拖欠工资的内容，无论是聊天记录、录音还是录像，都可以作为间接证据。同时，也可以要求老板补签工资欠条或还款计划等书面材料，明确注明拖欠工资的具体金额和时间。
   • 工作相关证据：收集考勤记录、工作成果相关证据（如项目文件、工作报告、业务往来邮件、工作聊天记录等）、同事证言以及个税完税证明、银行工资账单等。这些都能在一定程度上证明您的工作情况以及工资被拖欠的事实。
   • 保存沟通记录：与老板就工资问题进行沟通时的所有聊天记录或录音录像，都是重要的证据来源。但需注意，录音录像应在不违反法律法规和道德规范的前提下进行。

2. 向劳动监察部门投诉：

   • 您可向当地劳动监察部门投诉，详细说明您的工作及拖欠工资的情况。劳动监察部门会对投诉进行调查核实，若情况属实，会责令用人单位尽快支付工资。
   • 投诉时，请携带您的身份证、能证明与用人单位存在劳动关系的相关材料（如工作证、劳动合同等）以及上述收集的间接证据。

3. 申请劳动仲裁：

   • 即使没有直接证据，您也可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资。
   • 在仲裁过程中，您应积极举证，说明自己的主张。同时，根据法律规定，对于是否支付工资的劳动争议，应由用人单位承担举证责任。如果用人单位不能举证证明已支付工资，劳动仲裁机构可能会作出不利于公司的裁决。

4. 启动民事诉讼：

   • 若对仲裁结果不满意，您可在规定期限内向法院提起民事诉讼。
   • 在诉讼过程中，您需遵循民事诉讼的程序和规则，向法院提交起诉状、证据等相关材料。法院将对案件进行审理，并根据法律规定和事实情况作出判决。若用人单位仍不履行判决，您可向法院申请强制执行。

5. 注意事项：

   • 保留证据：在整个维权过程中，请务必注意保留所有与欠薪问题相关的证据材料，以备后续使用。
   • 及时维权：请尽快采取行动，避免超过法定的时效期限。根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，但从您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。虽然您的情况已经超过了通常的时效，但如果您能证明存在时效中断或中止的情形（如您一直在向老板追讨工资），仍有可能获得法律支持。
   • 寻求专业帮助：如果您在法律知识或经济状况上存在困难，可以向我咨询，我会根据您的具体情况提供更具体的法律建议。

最后，我想强调的是，虽然维权过程可能充满挑战，但请保持信心和耐心。通过积极收集证据、向相关部门投诉、申请劳动仲裁或启动民事诉讼等方式，您有望追回被拖欠的工资。如果您在维权过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。