工程联系单在大多数情况下是需要归档的，这主要基于以下法律和实务层面的考量：

法律层面

1. 证据留存：工程联系单作为甲乙双方就工程相关事宜进行沟通的重要书面文件，具有证明双方沟通内容、确认工程变更或调整事项等法律效力。在发生纠纷时，工程联系单可以作为关键证据，用于证明双方的权利义务关系，因此归档保存对于维护双方合法权益至关重要。

2. 合规性要求：根据相关法律法规和行业规范，建设工程项目在实施过程中需要保留完整的工程资料，以备后续审计、验收或纠纷处理之需。工程联系单作为工程资料的一部分，其归档保存也是符合合规性要求的重要体现。

实务层面

1. 便于管理：归档工程联系单有助于施工单位对工程资料进行系统化管理，方便后续查阅和使用。在工程项目实施过程中，可能会涉及大量的工程联系单，如果不进行归档保存，可能会导致资料混乱、丢失或难以查找等问题。

2. 促进沟通：归档工程联系单还可以促进甲乙双方之间的有效沟通。通过查阅历史工程联系单，双方可以了解之前的沟通内容和决策过程，从而更好地协调后续工作，避免重复沟通或误解等情况的发生。

归档建议

1. 及时归档：施工单位在收到甲方下发的工程联系单后，应及时进行归档保存，避免遗漏或丢失。

2. 分类整理：可以根据工程联系单的内容、时间或项目阶段等因素进行分类整理，以便后续查阅和使用。

3. 电子化存储：在条件允许的情况下，可以将工程联系单进行电子化存储，如扫描成PDF文件或录入电子文档管理系统等，以提高存储效率和便捷性。

若施工单位未对工程联系单进行归档保存，可能会面临以下法律后果：

• 在发生纠纷时，可能因无法提供关键证据而承担不利后果；
• 违反相关法律法规和行业规范的要求，可能面临行政处罚或行业制裁等风险。

因此，从法律和实务层面出发，甲方给施工单位下发的工程联系单是需要归档的。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。