结论：协议书没明确说明扣除的钱款，能否要回需视具体情况而定，包括扣除原因、双方约定、法律规定以及证据情况等。以下从不同角度为您详细分析：
一、扣除原因与双方约定
扣除有合理依据且双方默认：
- 如果扣除的钱款是基于某种合理的费用（如违约金、损害赔偿等），且双方在协议履行过程中对此有默认或实际履行（例如，一方因违约被扣除部分款项，另一方未提出异议），那么这部分扣除可能被视为双方对协议的一种实际变更或补充，要回的难度较大。
扣除无合理依据或双方未约定：
- 如果扣除的钱款没有合理的依据，或者双方在协议中并未明确约定可以扣除，那么这种扣除可能构成违约或不当得利。在此情况下，您有权要求对方返还被扣除的钱款。
二、法律规定
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同内容应当由双方协商确定。如果协议书中未明确约定扣除钱款的事项，而对方擅自扣除，这可能违反了合同自由原则。
不当得利返还：
- 如果对方扣除的钱款没有法律上的依据，或者虽然原本有依据但后来因某种原因（如合同解除、无效等）而失去依据，那么这部分钱款可能构成不当得利。根据法律规定，您有权要求对方返还不当得利。
三、证据情况
证据充分：
- 如果您能够提供充分的证据（如协议书、转账记录、沟通记录等）证明对方擅自扣除了钱款，且这部分扣除没有合理的依据或双方未约定，那么您要求返还的诉求将更有说服力。
证据不足：
- 如果您无法提供充分的证据来支持您的诉求，那么要回被扣除的钱款可能会面临一定的困难。在此情况下，您可能需要考虑通过其他途径（如协商、调解等）来解决问题。
四、建议与行动
与对方协商：
- 首先，您可以尝试与对方进行协商，了解扣除钱款的具体原因和依据，并尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，您可以考虑寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据您的具体情况，为您提供法律咨询、起草法律文书、代理诉讼等法律服务，帮助您维护自己的合法权益。
注意诉讼时效：
- 如果您决定通过法律途径来解决问题，请注意诉讼时效的问题。根据法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。因此，您需要在诉讼时效期间内提起诉讼或申请仲裁。
最后，协议书没明确说明扣除的钱款能否要回，取决于多种因素的综合考量。如果您面临此类问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供专业的法律建议和帮助。