协商扣减的工程款能否要回来，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同条款角度
若扣减违反合同约定：
- 首先，应详细审查施工合同中关于工程款支付、结算以及扣减的条款。若合同中明确规定了工程款的支付方式、时间节点以及扣减的条件和程序，而对方在扣减时未遵循这些约定，则您有权要求对方按照合同约定支付被扣减的工程款。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
若扣减符合合同约定：
- 若合同中明确规定了因特定原因（如工程质量问题、工期延误等）可以扣减工程款，且扣减的金额和方式均符合合同约定，则您可能难以直接要求对方返还被扣减的工程款。但您可以考虑与对方协商，看是否能够通过其他方式（如提供额外服务、延长保修期等）来弥补部分损失。
二、工程质量角度
若质量问题不成立或轻微：
- 若对方以工程质量问题为由扣减工程款，但您能够证明工程质量符合合同约定或国家标准，或者质量问题并不严重且不影响工程整体使用，则您有权要求对方返还被扣减的工程款。
- 证据收集：在此情况下，您需要收集相关证据，如施工记录、质量检测报告、双方沟通记录等，以证明工程质量符合要求。
若质量问题确实存在且严重：
- 若工程质量确实存在问题且严重影响了工程的使用或安全，且这些问题是由于您的过错造成的，则对方扣减工程款可能具有合理性。但您仍可以与对方协商，看是否能够通过修复工程、承担修复费用等方式来减少损失。
三、协商与诉讼角度
协商解决：
- 在任何情况下，您都可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成一致意见并返还部分或全部被扣减的工程款。协商时，您可以明确陈述事实和理由，提供相关证据支持自己的主张。
诉讼解决：
- 若协商无果，您可以考虑向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要准确阐述自己的诉求和事实依据，并提供充分的证据来支持自己的主张。法院将根据双方提供的证据和法律规定作出公正裁决。
- 诉讼准备：在提起诉讼前，建议您咨询专业律师，了解诉讼流程和注意事项，并准备好相关证据材料。
四、实际操作建议
- 及时沟通：在发现工程款被扣减后，应及时与对方进行沟通，了解扣减的原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
- 保留证据：在整个过程中，应妥善保留相关证据，如合同、结算单、施工记录、沟通记录等，以备不时之需。
- 寻求专业帮助：若情况复杂或自己无法处理，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的合法权益得到维护。
综上所述，协商扣减的工程款能否要回来取决于多种因素，包括合同条款、工程质量、协商与诉讼等。建议您根据实际情况采取相应的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。