公司出具的文件违背了内部制度，首先需明确的是，这可能涉及公司内部管理问题，也可能引发法律风险，具体取决于文件的性质、违背制度的严重程度以及是否对外产生了法律效果。以下从不同角度进行分析：
一、公司内部管理角度
内部审查与纠正：
- 公司应立即对违背内部制度的文件进行内部审查，确认违背的具体条款和原因。
- 根据审查结果，采取纠正措施，如撤销或修改文件，确保公司运营符合内部制度要求。
责任追究：
- 若文件违背内部制度是由于个人故意或过失行为导致，公司应依据内部规章制度对相关责任人进行责任追究，包括警告、罚款、降职或解雇等。
完善制度：
- 公司应借此机会审视内部制度是否存在漏洞或不合理之处，及时进行修订和完善，以防止类似事件再次发生。
二、法律风险角度
合同效力问题：
- 如果违背内部制度的文件涉及公司对外签订的合同，且该合同因违背制度而存在违法或违规条款，可能影响合同的效力。根据《民法典》的相关规定，违法或违规的合同条款可能被认定为无效。
- 示例：若公司内部制度规定不得与特定类型的客户签订合同，但某员工仍擅自签订，且该合同因客户类型问题被认定为违法，则该合同条款可能无效。
对外责任承担：
- 如果违背内部制度的文件导致公司对外承担了不应承担的责任或损失，公司有权向相关责任人追偿。
- 示例：因员工违背内部制度擅自出具担保文件，导致公司承担担保责任，公司有权向该员工追偿因此造成的损失。
行政处罚与刑事责任：
- 在某些情况下，违背内部制度的行为可能同时违反法律法规，如涉及财务造假、贪污腐败等，公司及相关责任人可能面临行政处罚甚至刑事责任。
- 示例：若公司员工违背内部财务制度，通过伪造账目等方式贪污公司资金，该员工可能构成贪污罪，面临刑事处罚。
三、应对措施与建议
立即停止违规行为：
- 一旦发现文件违背内部制度，公司应立即停止相关违规行为，防止损失扩大。
咨询专业律师：
- 鉴于法律问题的复杂性，公司应尽快咨询专业律师，评估法律风险，制定应对策略。
- （此处虽提及咨询律师，但意在强调专业法律意见的重要性，实际回答中应理解为“向我，张超律师，咨询相关法律问题”） 在具体操作中，你可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。
加强内部培训与监督：
- 公司应加强对员工的内部制度培训，提高员工的合规意识，同时加强内部监督机制，确保制度得到有效执行。
综上所述，公司出具的文件违背了内部制度，既涉及公司内部管理问题，也可能引发法律风险。公司应立即采取措施进行纠正，并咨询专业律师以评估法律风险，制定应对策略。如有具体法律问题，欢迎直接向我咨询。