结论：九十年代企业在没有通知的情况下给职工档案里放了一张自动离职证明，其有效性需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
自动离职证明的合法性基础：
- 自动离职证明的有效性首先取决于其是否符合当时的法律法规。在九十年代，劳动法律法规可能对于自动离职有明确的规定，包括离职的程序、通知义务等。如果企业未经合法程序，如未提前通知职工或未按照法定程序办理离职手续，而单方面在职工档案中放入自动离职证明，这种行为可能缺乏合法性基础。
通知义务的重要性：
- 通知义务是劳动法律关系中的重要环节。企业有义务在职工离职前通知其相关事宜，包括离职的原因、时间、后续手续等。如果企业未履行通知义务，而直接在职工档案中放入自动离职证明，这可能侵犯了职工的知情权，进而影响该证明的合法性。
档案材料的真实性与合法性：
- 职工档案是记录职工工作经历、奖惩情况等的重要文件，其内容的真实性和合法性至关重要。如果企业未经职工同意或未经合法程序，擅自修改或添加档案材料，如放入自动离职证明，这可能构成对档案材料的篡改或伪造，从而影响其法律效力。
可能的法律后果：
- 如果自动离职证明被认定为无效，企业可能面临一系列法律后果，包括但不限于：职工可能要求企业恢复其劳动关系、支付未支付的工资或福利、赔偿因无效证明造成的损失等。同时，企业还可能因违反劳动法律法规而受到行政处罚。
建议：
- 对于职工：如果发现自己的档案中有未经自己同意或未经合法程序添加的自动离职证明，应及时向企业提出异议，并要求企业纠正。如果企业不予理会或拒绝纠正，职工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
- 对于企业：应严格遵守劳动法律法规，履行通知义务，确保档案材料的真实性和合法性。在办理职工离职手续时，应按照法定程序进行，避免擅自修改或添加档案材料。
进一步思考：
- 在处理此类问题时，还需要考虑当时的法律法规的具体规定以及司法实践中的相关判例。因为不同地区的法律法规可能存在差异，且司法实践中的解释和适用也可能有所不同。
- 如果涉及到的自动离职证明与职工的社保、养老金等福利待遇相关，还需要考虑这些证明对职工未来权益的影响，并据此提供相应的法律建议。
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