结论：施工合同无效，但工程已投入使用的，发包人应当支付工程款，这主要基于《民法典》以及相关司法解释的规定。以下从法律规定、法律原理及实务操作等角度进行详细分析：
一、法律规定
《民法典》第七百九十三条：
- 建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
- 此条款明确了即使合同无效，只要工程验收合格，发包人仍需支付工程款（或折价补偿）。
相关司法解释：
- 虽然直接的司法解释条文可能并未明确提及“投入使用”即应支付工程款，但实务中，工程投入使用通常被视为对工程质量的一种认可，结合《民法典》的规定，可以推断出发包人应支付工程款的义务。
- 例如，在最高人民法院的相关判例中，法院往往根据工程是否实际投入使用、是否验收合格等因素，综合判断发包人是否应支付工程款。
二、法律原理
无效合同的处理原则：
- 无效合同自始没有法律约束力，但因合同取得的财产应当予以返还或折价补偿。
- 在建设工程施工合同中，承包人投入了大量的人力、物力和财力进行工程建设，若因合同无效而完全否定其应得的工程款，显然有失公平。
工程投入使用的法律意义：
- 工程投入使用通常意味着发包人已经接受了该工程，并认为其符合使用要求。
- 从公平和诚实信用的原则出发，发包人应当支付相应的工程款。
三、实务操作
验收合格与投入使用的关系：
- 在实务中，工程验收合格是支付工程款的前提条件之一。但若工程虽未正式验收，但已实际投入使用，且发包人未提出质量异议，可视为发包人对工程质量的认可。
- 此时，承包人可以主张发包人支付工程款，并可能获得法院的支持。
举证责任：
- 承包人需举证证明工程已投入使用，以及投入使用的时间、方式等事实。
- 发包人若主张工程存在质量问题或未达到合同约定的标准，则需承担相应的举证责任。
工程款支付的具体操作：
- 双方可以协商确定工程款的支付方式和时间。
- 若协商不成，承包人可以向法院提起诉讼，要求发包人支付工程款及可能的利息、违约金等。
建议：若您面临施工合同无效但工程已投入使用的情况，建议首先收集相关证据（如工程投入使用的照片、视频、发包人接受工程的书面文件等），以证明工程已实际投入使用且发包人未提出质量异议。然后，您可以与发包人协商支付工程款的事宜；若协商不成，可以向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。