法院判决书中确认的事实若未经过举证、质证、认证程序，原则上该事实认定是无效的，但存在例外情形。以下从不同角度进行详细分析：
一、一般原则：未经法定程序确认的事实无效
在民事诉讼中，举证、质证、认证是法院认定案件事实的基本程序。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。未经质证的证据，不得作为认定案件事实的根据。法院在审理案件时，必须依据经过质证的证据来认定案件事实，这是确保案件公正审理、保障当事人合法权益的重要程序。
举例说明：若在一场合同纠纷案件中，原告主张被告违约，并提供了相关证据。但法院在判决书中直接确认了原告未提供证据证明的事实，且该事实未经被告质证，那么该事实认定就是无效的。因为法院违反了法定程序，未依法进行举证、质证、认证。
二、例外情形：特定情况下未经质证的事实可能被采纳
尽管一般原则要求法院认定的事实必须经过举证、质证、认证程序，但也存在例外情形。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等相关司法解释，以下情形下，未经质证的证据可能被法院采纳：
当事人自认的事实：在诉讼过程中，一方当事人对另一方当事人陈述的案件事实明确表示承认的，另一方当事人无需举证。此时，法院可以直接采纳该自认事实，无需再进行质证。但需注意，自认的事实必须是在诉讼过程中作出的，且不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
众所周知的事实或自然规律及定理：对于众所周知的事实或自然规律及定理，法院可以直接认定，无需当事人举证或质证。例如，太阳从东方升起、水往低处流等自然规律，以及数学定理等，法院可以直接采纳作为认定案件事实的依据。
已为人民法院发生法律效力的裁判所确认的事实：若某一事实已被其他人民法院发生法律效力的裁判所确认，且该裁判与本案具有关联性，那么法院在审理本案时可以直接采纳该事实，无需再进行质证。但需注意，若当事人有相反证据足以推翻该事实的，法院不得直接采纳。
已为仲裁机构生效裁决所确认的事实：与已为人民法院发生法律效力的裁判所确认的事实类似，若某一事实已被仲裁机构生效裁决所确认，且该裁决与本案具有关联性，那么法院在审理本案时也可以直接采纳该事实。
已为有效公证文书所证明的事实：公证文书具有较高的证明力，若某一事实已被有效公证文书所证明，且该公证文书与本案具有关联性，那么法院在审理本案时可以直接采纳该事实。
三、法律后果与建议
若法院在判决书中确认了未经举证、质证、认证程序的事实，且该事实不属于上述例外情形，那么该事实认定是无效的。当事人可以依法提出上诉或申请再审，要求法院纠正错误的事实认定。
建议：当事人在参与诉讼时，应充分了解并遵守举证、质证、认证等法定程序，确保自己的合法权益得到保障。若发现法院在判决书中确认了未经法定程序的事实，应及时向专业律师咨询，了解自己的权利和义务，并依法采取相应的法律措施。
综上所述，法院判决书中确认的事实若未经过举证、质证、认证程序，原则上该事实认定是无效的，但存在例外情形。当事人在参与诉讼时，应充分了解并遵守相关法律规定和程序要求，确保自己的合法权益得到保障。如有任何法律问题或疑虑，请直接向我咨询。