结论：想与领导就合并部门后协议赔偿离职进行谈判，关键在于做好充分准备、选择合适时机、清晰表达诉求，并注意谈判策略。以下是一些具体建议：
一、准备阶段
了解自身权益：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，了解自己在部门合并、公司裁员或协商离职等情况下的合法权益，包括经济补偿、未休年假补偿、加班费等。
- 计算自己应得的经济补偿金额，这通常与你的工作年限、月工资等因素有关。具体计算公式为：经济补偿金=工作年限×月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
收集证据：
- 整理与工作相关的所有文件，如劳动合同、工资单、加班记录、工作成果等，以证明自己的工作年限、工资水平和工作表现。
- 如果部门合并导致你的工作职责、工作环境等发生不利变化，也应收集相关证据。
制定谈判策略：
- 明确自己的底线和期望值，即你愿意接受的最低经济补偿金额和离职条件。
- 考虑可能的谈判点和让步空间，以便在谈判中灵活应对。
二、谈判阶段
选择合适时机：
- 找一个领导相对空闲、心情较好的时机进行谈判，避免在领导忙碌或情绪不佳时提出。
- 如果可能，可以提前预约一个专门的会议时间，以确保谈判的顺利进行。
清晰表达诉求：
- 开门见山地说明自己的来意，即因部门合并希望协商离职并获得相应的经济补偿。
- 详细阐述自己的工作年限、工资水平、工作表现以及部门合并对自己造成的影响，以支持自己的诉求。
注意谈判技巧：
- 保持冷静和理性，避免情绪化地表达自己的诉求。
- 倾听领导的意见和反馈，尊重对方的立场，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果领导提出的补偿方案低于你的期望值，可以委婉地提出自己的异议，并给出合理的理由和依据。
- 考虑提出一些额外的条件或福利，如推荐信、职业培训机会等，以增加谈判的筹码。
三、后续阶段
签订书面协议：
- 如果双方达成一致意见，务必签订书面的离职协议或经济补偿协议，明确双方的权利和义务。
- 仔细阅读协议条款，确保没有遗漏或模糊不清的地方。
办理离职手续：
- 按照公司的规定和流程办理离职手续，包括交接工作、归还公司财物等。
- 确保在离职前结清所有工资和福利，避免后续纠纷。
保持职业形象：
- 无论谈判结果如何，都应保持职业形象和礼貌态度，避免与领导或同事发生不必要的冲突。
- 离职后也可以保持与前同事和领导的良好关系，为未来的职业发展留下余地。
提醒：在谈判过程中，如果遇到任何法律问题或不确定的情况，可以随时向我咨询。我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。