检察院的处理方式取决于具体情节和法律定性
若公司使用员工个人卡走账的行为涉嫌违法犯罪（如逃税、洗钱、职务侵占、挪用资金等），检察院会根据证据和法律规定，以涉嫌的罪名（如逃税罪、洗钱罪、职务侵占罪等）对公司或相关责任人提起公诉。若情节轻微不构成犯罪，可能仅作为行政违法处理，由税务、市场监管等部门处罚，检察院不直接介入。
员工个人可能承担的法律责任
- 若员工知情并协助：若员工明知公司用其账户走账用于违法目的（如逃税、洗钱），仍提供账户或协助操作，可能被认定为共犯，与单位共同承担刑事责任（如逃税罪的“其他直接责任人员”）。
- 若员工不知情：若员工仅按公司要求提供账户，对资金用途不知情，一般不构成犯罪，但需配合调查说明情况。若账户被用于非法活动，员工可能面临账户被冻结、资金被划扣等风险。
检察院调查的重点方向
- 资金流向：核查账户资金是否涉及非法活动（如逃税、洗钱），是否与公司经营无关。
- 主观故意：通过员工陈述、公司指令记录等，判断员工是否明知资金用途违法。
- 公司责任：调查公司是否通过个人账户逃避监管、偷逃税款或转移资产，是否构成单位犯罪。
员工如何应对检察院调查
- 配合调查：如实说明账户使用情况，提供相关证据（如公司要求提供账户的聊天记录、转账记录等）。
- 法律咨询：若被列为嫌疑人或证人，建议及时咨询律师，明确自身权利义务，避免因表述不当承担额外责任。
- 主张不知情：若确实不知资金用途违法，需提供证据证明（如公司未告知用途、转账记录与正常业务无关等）。
总结：公司用员工个人卡走账，若涉嫌违法犯罪，检察院可能对公司或相关责任人提起公诉；员工若知情协助可能被追责，不知情则一般不构成犯罪，但需配合调查。具体处理需结合资金用途、主观故意等证据综合判断。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题。