关于入职学历证明扫描件是否有效的问题，这主要取决于具体的使用场景和接收单位的要求。
首先，从一般原则来说，归档材料通常应为原件，一般不得用复印、扫描、拍摄等复制件代替原件存档。这是因为原件具有更高的法律效力和可信度，能够确保信息的真实性和完整性。然而，在实际操作中，也存在一些特殊情况，使得扫描件或复印件在特定条件下被接受。
对于入职学历证明而言，如果接收单位明确要求提供原件，那么扫描件显然是不符合要求的。但如果接收单位在招聘公告或入职须知中并未明确要求必须提供原件，或者在实际操作中接受扫描件作为初步审核材料，并在后续环节中要求提供原件进行复核，那么在这种情况下，扫描件是可以作为临时或初步证明使用的。
为了确保扫描件的有效性，我建议您采取以下措施：
确保扫描件清晰可辨：扫描件应保持原件的完整性和清晰度，避免出现模糊、缺失或篡改的情况。
加盖公章或签名确认：如果可能的话，可以在扫描件上加盖原件保管单位或材料形成部门的公章，或者由相关负责人签名确认，以增加其可信度。
了解接收单位的具体要求：在提交扫描件之前，最好先与接收单位进行沟通，了解其对于学历证明的具体要求，以确保扫描件能够满足其需求。
准备原件以备复核：即使接收单位初步接受了扫描件，也建议您准备好原件以备后续复核或存档使用。
此外，如果您对于学历的真实性存在疑虑，或者需要更权威的证明，可以考虑申请学历学位认证。通过学信网等官方渠道申请的学历学位认证报告具有更高的法律效力和可信度，可以作为入职时的有力证明。
综上所述，入职学历证明扫描件的有效性取决于具体的使用场景和接收单位的要求。在提交扫描件之前，建议您先了解接收单位的具体要求，并采取相应的措施以确保扫描件的有效性和可信度。