结论：员工违规套利3180元，公司申请赔偿的方式主要取决于公司内部规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定，以下分情况说明。

1. 依据公司内部规章制度申请赔偿
   • 前提条件：公司需有明确、合法且已向员工公示的规章制度，其中应规定员工违规套利的行为属于严重违反公司规定，以及相应的赔偿方式和标准。例如，规章制度中明确规定员工违规套取公司利益的，需按照套取金额的一定倍数（如1 - 3倍）进行赔偿。
   • 操作方式：公司发现员工违规套利行为后，应按照内部规定的程序进行调查取证，收集相关证据，如交易记录、监控视频、证人证言等，以证明员工的违规行为和套利金额。然后，依据规章制度中的赔偿条款，向员工发出书面通知，要求其按照规定进行赔偿。如果员工拒绝赔偿，公司可以依据规章制度中的纪律处分条款，对员工进行相应的纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等，并保留进一步通过法律途径追偿的权利。
2. 依据劳动合同申请赔偿
   • 前提条件：劳动合同中应明确约定员工不得从事违规套利等损害公司利益的行为，以及如果员工违反该约定应承担的赔偿责任。例如，劳动合同中约定员工如有违规套利行为，需赔偿公司因此遭受的全部损失，包括直接损失和间接损失。
   • 操作方式：公司应先与员工进行沟通协商，向其说明违规套利行为违反了劳动合同的约定，要求其按照合同约定进行赔偿。如果协商不成，公司可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交劳动合同、员工违规套利的证据等材料，要求员工赔偿公司损失。仲裁裁决后，如果员工仍不履行赔偿义务，公司可以向人民法院申请强制执行。
3. 依据法律法规申请赔偿
   • 前提条件：员工的违规套利行为如果违反了相关法律法规，如《中华人民共和国刑法》中关于职务侵占罪、贪污罪等规定（如果员工套利金额达到刑事立案标准），或者违反了《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任的规定，公司可以依据法律法规要求员工承担赔偿责任。
   • 操作方式：如果员工的行为涉嫌犯罪，公司应向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。在刑事诉讼过程中，公司可以作为被害人参与诉讼，要求犯罪嫌疑人（员工）退赔违法所得。如果员工的行为不构成犯罪，但构成侵权，公司可以向人民法院提起民事诉讼，要求员工赔偿公司因此遭受的损失。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明员工的侵权行为和损失金额。

注意事项：

• 在申请赔偿过程中，公司应确保收集的证据合法、有效、充分，能够证明员工的违规套利行为和公司的损失金额。
• 公司应按照法定程序进行操作，避免因程序违法而导致申请赔偿失败。
• 如果对申请赔偿的流程和证据收集等方面存在疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的解答和指导。