结论前置：开荒地建大棚种菜是否违法及如何处理，需根据开荒地的土地性质及是否履行相关审批手续来判断，具体分以下两种情况说明：

1. 若开荒地属于耕地（尤其是基本农田）且未经审批

   • 违法性分析：根据《土地管理法》及《基本农田保护条例》，耕地（特别是划定的基本农田）受到严格保护，未经依法批准不得擅自改变用途或进行非农建设。若在未经审批的耕地上建大棚种菜，虽大棚本身可能用于农业种植，但开荒行为本身可能涉及改变土地原状，且若大棚建设不符合农业设施用地标准（如硬化地面、永久性建筑等），则可能被认定为违法占地或违法建设。
   • 处理方式：
     • 行政处罚：自然资源部门可能责令限期改正（如拆除大棚、恢复土地原状），并处以罚款（具体标准依地方规定）。
     • 刑事责任：若占用基本农田达到一定面积（如5亩以上）且造成严重后果，可能涉嫌非法占用农用地罪，需承担刑事责任。

2. 若开荒地属于未利用地（如荒山、荒沟、荒丘等）且已履行审批手续

   • 合法性分析：根据《土地管理法》第四十条，开发未确定使用权的国有荒山、荒地、荒滩从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产的，经县级以上人民政府依法批准，可以确定给开发单位或者个人长期使用。若已依法办理审批手续，并符合土地利用总体规划及农业设施用地政策，则建大棚种菜属于合法行为。
   • 处理方式：
     • 合规使用：需按照审批范围、用途及期限使用土地，不得擅自扩大面积或改变用途。
     • 备案管理：部分地区可能要求农业设施用地向乡镇政府备案，需按要求完成备案手续。

补充建议：

• 核实土地性质：通过当地自然资源部门查询土地规划用途（如是否为基本农田、耕地或未利用地）。
• 办理审批手续：若计划开荒并建设大棚，需提前向县级政府申请审批，确保程序合法。
• 咨询专业意见：涉及土地纠纷或行政处罚时，建议及时委托律师介入，维护合法权益。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细解答。