如果公司在员工年假期间只支付基本工资，公司可能面临以下法律后果：
补足工资差额：
- 根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，除了基本工资外，员工还应获得与正常工作期间相同的奖金、津贴、补贴等福利待遇。如果公司仅支付基本工资，员工有权要求公司补足工资差额。
支付赔偿金：
- 若公司未按照法律规定支付年假工资，且经劳动监察部门责令限期支付后仍未支付，根据《劳动合同法》第八十五条的规定，公司可能面临加付赔偿金的风险。赔偿金的具体数额通常为应付金额的百分之五十以上百分之一百以下，具体比例由劳动行政部门根据公司的违法情节确定。
面临行政处罚：
- 劳动行政部门有权对公司进行劳动监察，若发现公司存在未依法支付年假工资等违法行为，劳动行政部门可以责令公司限期支付，并可能对公司处以罚款等行政处罚。罚款的数额根据公司的违法情节和造成的后果严重程度而定。
影响企业形象和员工关系：
- 除了法律后果外，公司未依法支付年假工资还可能对公司的企业形象和员工关系产生负面影响。员工可能对公司产生不满和信任危机，进而影响工作积极性和团队凝聚力。长期来看，这可能对公司的稳定发展和人才吸引造成不利影响。
法律建议：
- 公司应严格遵守相关法律法规，确保在员工年假期间支付与正常工作期间相同的工资收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等福利待遇。
- 若公司因特殊原因无法全额支付年假工资，应与员工进行充分沟通，并寻求员工的理解和支持。同时，公司应尽快采取措施解决资金问题，确保员工的合法权益不受损害。
- 若员工对公司支付的年假工资有异议，公司应积极与员工协商解决。若协商无果，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，公司应做好应对准备。
示例说明：
假设某员工的基本工资为每月5000元，正常工作期间每月还有2000元的奖金和补贴。若该员工在年假期间公司仅支付了5000元基本工资，那么公司应补足的工资差额为2000元。若公司未补足且经劳动监察部门责令限期支付后仍未支付，公司可能面临加付赔偿金的风险，具体数额根据违法情节确定。同时，公司还可能面临劳动行政部门的行政处罚，如罚款等。
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