合作方保管公章不归还，可能面临以下法律后果及处理措施：
一、法律后果
民事责任：
- 违约责任：若双方之间存在关于公章保管的合同或协议，合作方不归还公章可能构成违约，需承担违约责任，包括赔偿因违约造成的损失。
- 侵权责任：合作方无合法依据占有公章，可能构成对公章所有权的侵害，需承担返还公章及赔偿损失等侵权责任。
行政责任：
- 若公章的保管涉及公司登记、备案等行政程序，合作方不归还公章可能导致公司无法正常进行行政事务，进而可能面临行政机关的处罚或责令改正等。
刑事责任（极端情况下）：
- 如果合作方利用保管的公章进行非法活动，如伪造文件、诈骗等，可能构成犯罪，需承担刑事责任。但这一后果相对极端，需具体分析行为性质和后果。
二、处理措施
协商沟通：
- 首先，建议与合作方进行友好协商，明确要求其归还公章，并说明不归还可能面临的法律后果。协商过程中，可以保留书面沟通记录，以备后续维权之需。
发送律师函：
- 若协商无果，可以委托律师向合作方发送律师函，正式要求其归还公章，并警告其若不履行将采取法律手段。律师函具有法律威慑力，有时能促使对方主动履行义务。
提起诉讼：
- 若合作方仍拒不归还公章，可以向法院提起诉讼，要求合作方返还公章并赔偿损失。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明公章的归属、合作方的保管行为以及因不归还造成的损失等。
- 诉讼流程：包括准备起诉状、证据材料，向法院提交并缴纳诉讼费，等待法院受理并安排开庭，参与庭审并陈述事实、提供证据，最后等待法院判决并执行。
申请财产保全（如适用）：
- 在提起诉讼的同时或之前，如果担心合作方会转移、隐匿或毁损公章等财产，可以向法院申请财产保全，要求法院查封、扣押或冻结合作方的相关财产，以确保后续判决的执行。
报警处理（如涉及犯罪）：
- 如果合作方利用保管的公章进行非法活动，如伪造文件、诈骗等，且情节严重，可能构成犯罪。此时，可以向公安机关报案，要求追究合作方的刑事责任。
三、预防措施
- 完善合同条款：在与合作方签订公章保管合同时，应明确约定保管期限、保管方式、归还条件及违约责任等条款，以减少纠纷的发生。
- 加强公章管理：建立严格的公章管理制度，明确公章的保管、使用、审批等流程，确保公章的安全和合规使用。
- 定期审计检查：定期对公章的保管和使用情况进行审计检查，及时发现并纠正问题，防止公章被滥用或丢失。
总结来说，合作方保管公章不归还可能面临民事、行政甚至刑事责任。为应对这一情况，可以采取协商沟通、发送律师函、提起诉讼、申请财产保全及报警处理等措施。同时，为预防类似纠纷的发生，应完善合同条款、加强公章管理并定期审计检查。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。