针对您提出的“合同制工人在自动离职后档案怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、档案所有权与责任明确
首先，需要明确的是，档案的所有权虽然属于单位，但单位在处理员工档案时，必须严格遵守相关法律法规，确保档案的完整、真实和安全。作为劳动者，您在离职时，有权了解自己的档案情况，并积极参与档案转移的相关流程。
二、档案接收单位的确认
自动离职后，您的档案去向主要取决于您的新工作情况或就业状态：
新单位接收：如果您找到了新的工作单位，并且新单位具有档案管理权限（如国有企业、事业单位等），那么您应要求新单位开具调档函，并将调档函提供给原单位，以便将档案转移至新单位。
公共就业和人才服务机构接收：如果新单位不具备档案管理权限，或者您目前处于失业状态，那么您可以将档案存放至户籍所在地或工作所在地的公共就业和人才服务机构。同样，您需要向该机构申请开具调档函。
三、原单位办理档案转出手续
在确认档案接收单位后，原单位需要按照以下步骤办理档案转出手续：
出具解除劳动合同证明：原单位需在解除劳动合同时出具相关证明，并在规定时间内（通常为十五日内）为您办理档案和社会保险关系转移手续。
整理档案材料：原单位应确保档案内容完整，包括入职登记表、劳动合同、考核材料、奖惩记录等，以便接收单位能够全面了解您的工作经历和表现。
安全转出档案：原单位需通过机要通道或专人送取的方式将档案转递至调档函指定的接收单位，避免个人携带以确保档案的真实性和完整性。
四、档案接收与核实
接收单位在收到档案后，会进行审核，检查档案的密封情况和材料的完整性。您也可以与接收单位联系确认档案接收情况，并对档案内容进行核实。如果发现档案材料不全或有误，您应及时与原单位或接收单位沟通解决。
五、特殊情况处理
档案遗失：如果档案在转移过程中遗失，原单位有责任查找或补办相关档案材料，以确保您的权益不受损害。
档案材料不全：如果档案材料不全，您需要配合原单位或接收单位补充相应材料，保证档案的完整性和有效性。
档案暂时留在原单位：虽然存在一定风险，但在与单位协商一致的情况下，您可以选择将档案暂时留在原单位。不过，为了保障您的权益，建议您与单位签订相关协议，明确档案的安全和管理责任。
六、注意事项与建议
离职前沟通：在离职前，建议您与单位的人力资源部门或档案管理人员沟通好档案的处理方式，确保双方对档案转移有明确的了解和安排。
了解当地规定：不同地区的档案管理规定可能存在差异，建议您咨询当地人力资源和社会保障部门或专业律师，以获取更准确的信息和指导。
妥善保管档案材料：作为劳动者，您应妥善保管好自己的档案材料，避免丢失或损坏对个人就业、社保等方面产生影响。
综上所述，自动离职后的档案处理需要遵循相关法律法规，确保档案的完整、真实和安全。您应积极参与档案转移的相关流程，并与原单位和接收单位保持密切沟通，以确保自身权益得到妥善保障。