当电动车在交通事故中承担主要责任，而汽车承担次要责任时，汽车保险公司的赔偿方式将遵循一系列明确的法律原则和保险条款。以下是对此问题的详细解答：
一、责任划分与赔偿原则
责任划分：
- 交警部门会根据事故现场的具体情况、双方的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，出具交通事故责任认定书。这份认定书将明确电动车和汽车各自的责任比例。在此情况下，电动车承担主要责任，意味着其过错行为对事故的发生起到了较大作用；汽车承担次要责任，表示其也存在一定的过错，但程度较轻。
赔偿原则：
- 赔偿将按照各自过错的比例进行分担。即电动车方应承担大部分赔偿责任，而汽车方则承担小部分赔偿责任。赔偿范围包括人身损害赔偿（如医疗费、误工费、护理费、交通费等）和财产损失赔偿（如车辆维修费、物品损失等）。
二、汽车保险公司的赔偿流程
交强险赔偿：
- 汽车方的交强险将首先在限额内进行赔偿。交强险通常包括死亡伤残赔偿限额（如18万元）、医疗费用赔偿限额（如1.8万元）和财产损失赔偿限额（如2000元）。电动车一方的人身伤亡和财产损失，将先由汽车交强险在上述限额内全额赔偿。
商业险赔偿（如适用）：
- 如果汽车方还购买了商业险，且事故损失超出了交强险的赔偿限额，那么商业险将根据保险合同的约定进行赔偿。商业险的赔偿范围和限额将依据具体的保险合同来确定。
扣除电动车方应承担部分：
- 在赔偿过程中，汽车方的保险公司可能会要求扣除电动车方应承担的部分赔偿责任。这是因为电动车方作为主要责任方，需要承担大部分的损失。
协商或法律途径：
- 如果双方对赔偿金额或方式存在争议，可以尝试通过协商解决。如果协商不成，任何一方都可以向人民法院提起诉讼，请求法院裁决赔偿责任和金额。
三、具体赔偿项目与计算方式
人身损害赔偿：
- 医疗费：根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证，结合病历和诊断证明等相关证据确定。
- 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况确定。误工时间由医疗机构出具的证明确定，收入状况则根据受害人最近三年的平均收入计算。
- 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。护理人员有收入的，参照误工费的规定计算；护理人员没有收入或者雇佣护工的，参照当地护工从事同等级别护理的劳务报酬标准计算。
- 交通费：根据受害人及其必要的陪护人员因就医或者转院治疗实际发生的费用计算，以正式票据为凭。
- 其他费用：如营养费、残疾赔偿金、精神损害抚慰金等，也可根据实际情况主张。
财产损失赔偿：
- 车辆维修费：根据维修发票和维修清单确定。
- 物品损失：如有物品在事故中损坏，需提供相关证明和估价。
四、注意事项
保留证据：
- 事故发生后，应及时拍照、录像，保留现场证据。同时，收集并保存好所有与事故相关的医疗记录、费用单据、维修发票等证据材料。
及时报案：
- 向交警部门和保险公司及时报案，以便后续处理。报案时，应提供准确的事故信息和联系方式。
了解保险条款：
- 在购买保险时，应仔细阅读保险条款，了解保险责任和免责范围。这有助于在事故发生时，更好地理解保险公司的赔偿方式和限额。
法律咨询：
- 如对赔偿事宜有疑问或争议，可咨询专业律师或法律援助机构。他们可以提供专业的法律意见和帮助，确保您的权益得到保障。
综上所述，当电动车在交通事故中承担主要责任时，汽车保险公司的赔偿将遵循交强险先行赔付、商业险补充赔偿（如适用）的原则，并扣除电动车方应承担的部分赔偿责任。双方应通过协商或法律途径解决争议，并保留好所有相关证据和文件。